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Linux下通过RIblast预测lncRNA的作用靶基因
长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA。研究表明, lncRNA 在剂量补偿效应(Dosage...
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序列比对工具 | BLAST、 BLAT、 diamond基本概念 相似性（similarity） 一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其他一些合适的度量 如：A序列和B序列的相似性是80% 同源性（homology）...
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m6A甲基化数据分析流程前面我们简单介绍过m6A RNA甲基化修饰特征[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s%3F__...
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生信 | 基因组组装实战（四）：组装软件mecat2、flye、wtdbg2、Canu、Falcon写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.基因组概念 基因组应该指单...
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你关心的地中海贫血知识，看这一篇就够了分三个部分，做一个介绍。分别是地贫的概念，诊断和治疗、及关于地贫的遗传咨询常见问答。 首先是疾病概况。 地中海贫血，简称地贫，又名海洋性贫血，分为α地贫和β地贫。两者都是小细...
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CIBERSORT计算免疫浸润程度读CIBERSORT免疫浸润的代码实现[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4NjU4ODQ2MQ==&mid=2247490638&id...
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获取登录号Accession Number之完整解决方案|组学数据上传NCBI
目前NCBI中的SRA上传流程有精简与优化，可以不需要单独申请BioSample与BioProject。因为SRA提交步骤中就包含了创建BioProject和BioSampl...
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limma、DESeq2、edgeR差异分析及绘制韦恩图不同的时空以及不同的条件下差异基因分析是RNAseq分析的重要目标。差异表达分析方法包括：基于Read数目：DESeq、limma和edgeR；基于组装技术：Cuffdif和...
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R语言ggplot2画点和连线展示Mantel检验的结果~示例数据和代码可以获取最近看到好几个群里都在讨论这个图，今天的推文就来介绍一下这个图左下角基于散点和带弧度的线段实现办法，右上角关于方块热图之前介绍过代码，大家感兴趣的可以翻翻之前的推文 第一步是...
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R语言circlize包画一幅好看的弦图~完整示例数据和代码前些天在网上看到的代码，他最终的出图如下 这份教程的链接地址是 https://www.royfrancis.com/beautiful-circos-plots-in-r/...
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利用 Python 开发桌面小工具，实现htm自动转为excel文件写在前面：最近遇到的需求是这样的，需要频繁将htm类型的数据转为Excel表格，这是一个重复性的工作，极大程度上浪费时间和人力，所以我找到了一个解决方案。用Python开发一...
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使用SSRMMD便捷、迅速与准确地进行：SSR位点检测，多态性SSR筛选，与批量SSR引物设计
1.简介 SSRMMD (Simple Sequence Repeat Molecular Marker Developer) 是用Perl语言编写的软件，可以从组装序列（F...
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GATK 4.1.7.0 call SNP
GATK4.0之后和之前的版本存在较大差异，因此需要使用特定版本来call变异时需要有较大的改动，call变异的过程更趋向于流程化。 首先是软件安装 在github中下载ga...
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杨老师您好，easySFS的obs文件是2N+1个，stairway plot2里写blueprint时直接贴，是要去掉第一个吗
种群动态历史评估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）
SFS的基本理解、介绍的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...
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使用ALLHiC基于HiC数据辅助基因组组装使用ALLHiC基于HiC数据辅助基因组组装 基因组组装大致可以分为三步（1）根据序列之间的重叠情况构建出contig，（2）基于二代的mate pair文库或光学图谱将co...
