启动子 启动子是RNA 聚合酶识别、结合和开始转录的一段DNA 序列，它含有RNA 聚合酶特异性结合和转录起始所需的保守序列，多数位于结构基因转录起始点的上游,启动子本身不被...
IP属地：山西
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PlantCARE预测植物启动子-顺式作用元件 -
大佬是烟草研究所的啊羡慕😉
JBrowse会显示红色Error框处理
前言：先宣传一波我们自己开发的数据库，欢迎大家多提意见，多引用。 自从我们第一个版本发布之后（Jin et al, 2013 Bioinformatics），就获得了大量的访...
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【比较基因组学】基因家族扩张与收缩分析前言：因为最近陆陆续续接手了几个物种的基因组项目，这也是生信分析中很大的一块。其中最基础的是组装和注释（当然我们实验室也做组装方法学的研究）。现在随着很多物种基因组的发表，纯...
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PLncDB V2.0: 植物长链非编码RNA数据库今天写写我们自己做的数据库，欢迎大家提意见，多引用。 长链非编码RNA是一类广泛存在、长度大于200 个碱基的非编码调控分子。它深度参与植物生长发育、逆境胁迫与次生代谢等诸多...
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GO，KEGG，DO富集分析这是我听B站鲮鱼不会飞视频（GO，KEGG，DO富集分析）里的笔记哦~当然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和视频上讲的不一样那是我自己发挥的，自行忽略.... 市面上公...
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您好，我看到您写到非模式生物用AnnotationHub这个包，在这里面您举得例子是番茄，您写到“解决完标准注释库的问题，剩下的和模式生物做富集分析完全一样了”，番茄的geneid是solycXxxx这种形式的，这种形式并不是symbolid，请问如何solycxxxx形式的id转变为ENTREZID呢？
GO，KEGG，DO富集分析
这是我听B站鲮鱼不会飞视频（GO，KEGG，DO富集分析）里的笔记哦~当然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和视频上讲的不一样那是我自己发挥的，自行忽略.... 市面上公...
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你好，你下载的Sl3.0里面有gene nane一列吗
非模式生物如何做富集分析
最近在分析数据水稻的转录组数据，遇到了一系列问题，感觉是之前没有踏踏实实学习转录组数据分析而留下的隐患全部爆雷了。也挺好！这样才能知道不足。这次是水稻的富集分析，参考网上的资...
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转录组入门（8）：差异基因结果注释作业要求 我们统一选择p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因为显著差异表达基因集，对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。然后把表达矩阵和分组信息分...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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生物信息编程
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联合使用deeptools和自编R脚本分析链特异性数据不积跬步无以至千里 deeptools作为分析深度测序数据的一大利器，受到了广泛的欢迎和关注，这一点从Github的星标数以及conda的安装次数就可以知道，很多人都对它非常...
