01 爱一个人，千万别低到尘埃里，这开不出花，也不会被看见，更不会有真正的回应。 拼命地对一个人好，以为这样做，对方就会感动。只是感动并不是爱情，反而所谓感动会成为自我感动。...
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爱一个人别太过度，对方感动才不是爱情
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基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）一、数据准备 首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
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可以从fasta中提取基因序列的4款软件
前言 做生分析有时候需要从基因组fasta文件中提取基因的序列，对于这个需求有不少现成的软件可以来实现，今天来跟大家分享4款可以完成这个需求的软件，废话不多说了，直接来看...
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一行命令完成RNAseq数据标记重要基因
前面介绍了怎么一行命令完成RNAseq差异分析加作图，那如果我们已经有自己重点关注的基因，并且想把这些基因在差异结果里展示出来怎么弄呢？ 今天再来介绍一下，做完差异分析之后怎...
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TBtools | 快速（以分钟计）且准确地获取家族进化分支成员写在前面 生物信息数据下游分析，是一个非常复杂，且几乎没有也不可能流程化的操作。究其原因，但凡贴近生物学问题，需要更多生物学视角，甚至是研究人员的直觉。而这，恰恰又是工作亮点...
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走向基因组3D世界 ——染色体构想捕获技术3C(chromosome conformation capture)
在过去10年中，染色体构象捕获（chromosome conformation capture 3C）技术及其该技术的拓展技术(4C,5C,Hi-C,ChIA-PET)，使人...
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柿子基因组测序与其性别决定系统的进化分析写在前面 前日，课题组每周小组会时排到我分享论文与研究进展。我大体看了下近期植物小RNA相关研究报道时，发现bioRxiv上，日本Takashi课题组上传了其所开展的柿子基因...
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【基因组学】提取基因的启动子序列
写在前面 通常我们碰到的是，根据gff文件提取cDNA序列，这个比较容易满足，但是有时候我们需要构建native promoter 载体的时候，就需要提取cDNA前面的序列，...
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Linux常用命令目录命令分类链接Linux特殊符号与常用快捷键Linux特殊符号与常用快捷键Linux常用命令-帮助和系统内置类Linux常用命令(一)Linux常用命令-文件和目录类Linux...
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文件文档-linux常用命令大全[功能分类]
（还在更新跟进哦，欢迎指点、收藏、引用哟~） 目录总览 系统操作-linux常用命令大全[功能分类](系统信息、关机注销)权限管理-linux常用命令大全[功能分类]（用户群...
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bioinfo100 —— 第35题 RNA-Seq 数据的定量之RPKM和FPKMhttps://zhuanlan.zhihu.com/p/50811365 Hello大家好！好久不见了！ 之前手头上一直有很多事情，因此咱们的生物信息学100个基础问题（B...
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根据基因组fa文件和gff文件提取cds并翻译成pep
cds文件：注释信息里的蛋白编码序列pep文件：cds对应序列翻译成的氨基酸序列从NCBI上下载基因组时，有的并没有上传cds文件和pep文件，此时该怎么办呢？ （1）利用脚...
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基于全基因组的基因家族分析（3）：SlNRAMP家族基因CDS和Genomic DNA序列获取今天继续进行下一步，也是序列文件的获取，有了这些数据，我们才可以进行下一步的工作，才能够绘制一些图片。 1. CDS序列获取 SlNRAMP家族成员鉴定这篇文章已经讲解了如何...
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进化树作图专题:盘点绘树的14款本地软件（转载）
原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/5xIj1bZSFfx6ah53FTB9bw未经作者同意，仅做学习，不做商业使用，如作者表示异议我会立刻删除。...
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看不懂测序峰图就好像有答案都不会抄
这篇文章的测序原理的部分本不在我的计划范围内，原本只是想回复一下之前部分读者关于套峰的问题，想着学习一下不同测序峰形的结果以及改进方法。某天晚上我打开华大基因的网页客户端，检...
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SAMtools: SAM格式的处理利器SAM及其相关工具 SAM格式介绍 SAM全称是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比对或联配数据的格式。无论是重测序，还是转录组，还是表观组，...
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4️⃣ 核酸（蛋白）序列特征分析(5):序列motif的查找和可视化工具序列比对和序列特征分析总目录 模体Motif，指DNA或蛋白质序列中局部的保守区域，或者是一组序列中共有的一小段序列模式。这些motif很可能具有分子功能，结构性质或家族成员...
