高校打工二十载，无才无貌更无财。闲时喜结各路友，生怕错过真豪杰。平生最恨伪君子，内心亦厌真小人。提笔忘字经常事，直抒心意定乾坤。
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R数据分析：混合效应模型的可视化解释，再不懂就真没办法
好多同学咨询我混合效应模型，有些问题自己需要讲很多遍，想想就再开一贴，争取这一篇文章给大家写清楚。 混合效应模型名字很多，Hierarchical Modeling, als...
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Likelihood Ratio, Wald和Lagrange Multiplier(Score)检验的区别与相似点文章说明 本文是对参考原文链接这篇文章的翻译。如有疑问或译文有误，可留言修正。 写作目的 本文尝试这些基本概念1)似然比检验2)Wald检验3)分数检验。 一位研究员想要估计...
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@吴十三和小可爱的札记 对这个选择好像也见过不同的说法，不过感觉如果不能保证每个样本测序的序列数量大致一定的话，还是处理一下的好？免得出现由于样品处理问题带来的假阳性？（刚开始接触的小白的拙见，不知道理解是否靠谱[捂脸]）
1. 简介和数据预处理
简介 16S rRNA位于原核细胞核糖体小亚基上，包括 10 个保守区域(Conserved Regions)和 9 个高变区域(Hypervariable Regions)...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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@小白菜学生信 谢谢哈，主要我对标准化丰度、相对丰度还有抽平这几个概念和用处有点拎不清
16S测序分析（五）用RandomForest寻找关键细菌
导读 用随机森林“分类”的方法寻找16S测序数据中与分组有关的细菌。 一、数据准备 标准化细菌丰度表格式要求：不用放样本ID；最后一列放分组变量 二、R分析准备 三、随机森林...
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请问一下抽平和标准化如何选择呢？这里没有给出标准化的操作是吗
1. 简介和数据预处理
简介 16S rRNA位于原核细胞核糖体小亚基上，包括 10 个保守区域(Conserved Regions)和 9 个高变区域(Hypervariable Regions)...
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标准化细菌丰度就是相对丰度吗
16S测序分析（五）用RandomForest寻找关键细菌
导读 用随机森林“分类”的方法寻找16S测序数据中与分组有关的细菌。 一、数据准备 标准化细菌丰度表格式要求：不用放样本ID；最后一列放分组变量 二、R分析准备 三、随机森林...
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16S测序分析（三）用LEfSe寻找组间差异细菌导读 前面已经介绍了获取菌属相对丰度表的方法，以及多样性分析中的基本概念和计算方法。接下来将开始介绍一种寻找组间差异细菌的常用方法LEfSe。LEfSe（Linear dis...
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hello 想问一下，随机抽样的seed有什么限制吗？推荐值这种
扩增子测序中OTU表进行抽平的两种方式
A random rarefaction of sample reads according to a specific reads length (usually the ...
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R：Bray-Curtis PCoA导读 Bary-Curtis PCoA降维分析菌群结构。 一、输入数据 1.1 菌属丰度矩阵 1.2 样品分组 二、BC PCoA函数 三、分析及结果 3.1 结果文件 3....
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16S测序分析（二）菌群多样性分析导读 多样性分析是16S测序分析中常见的分析方法。本文旨在向初学者介绍多样性分析中alpha多样性和beta多样性的由来、概念、计算，以及展示“如何用R语言实现alpha多样...
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16S测序分析（一）菌属丰度表获取导读 Miseq 16S amplicon V3V4 PE300测序是目前菌群结构谱研究最为常用的测序手段。本文将以此类测序的下机数据为例展示“如何从Miseq测序数据中快速...
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都什么人在简书上混？我来简书快1年了，经常被这个问题困惑。这个平台的主体读者是谁？他们都关心什么？都什么人来简书写作？他们都写什么？简书推荐作者的含金量究竟有多大？现在简书还需要什么文章？ 终于...
