方法一：基于hmm模型的鉴定方法 1.准备数据①下载拟南芥基因组fasta文件、注释文件gtf/gff3文件：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub...
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基因家族分析 | 基因家族成员鉴定(hmm模型＆同源blast) -
基因家族专题(3)：基因家族成员的鉴定
Data preparation 继续上次的内容，下载好数据后就可以正式开始鉴定了。首先回顾一下，下载好的数据。 基因组序列信息，存储基因组序列信息的.fasta文件。还有其...
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情景linux--如何得出一个文件的第二列？
情景 曾经有一同事问我，在linux下如何输出一个文本文件的第二列，文本内容不限。我不假思索地说用awk啊。她追问只有这一种方式么？于是我仔细想了想，…… 分析 既然内容不限...
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qsub任务提交系统
qsub系统适用于服务器集群的任务提交参考地址 qsub提交系统使用说明 运行命令 qsub run.s PBS的walltime于qsub -a 的时间格式是不一样的 #P...
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生成用于circos的基因密度文件的python脚本
最近在做circos图，由于我的重复序列的gff文件不是标准格式，无法用软件生成，只好自己写一个python脚本，本脚本可处理各种类似gff格式的文件，转化为适用于circo...
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转录组流程（Hisat2（略）+StringTie+ballgown）我这里只是用了4个数据进行测试，分成两组（随意写的，仅供测试，在ballgown可以看到）；hisat2比对后，samtools sort生成sort.bam，用于strin...
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sam和bam格式文件的shell小练习前期准备: 统计共多少条reads(pair-end reads这里算一条)参与了比对参考基因组 统计共有多少种比对的类型(即第二列数值有多少种)及其分布。 3）筛选出比对失...
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如何向NCBI的SRA上传数据首先访问SRA的提交界面，https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/，在没有登陆NCBI时，网页内容如下所示 点击Log in, 会进...
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使用PBS作业调度系统提交python脚本以及python调用R的方法
首先说下如何指定各种脚本的工作路径（shell, python, R） qsub可以通過-d指定作業脚本運行目錄 R, python脚本：上一级调用时在命令行参数里指明运行路...
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转录组入门（5）： 序列比对欢迎来GitHub上fork，一起进步： https://github.com/xuzhougeng 比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisa...
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RNA-seq(5):序列比对：Hisat2比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2(官网https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
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RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析一、安装软件 1、HISAT2 将reads比对到基因组上 2、StringTie 将比对好的reads进行拼装并预计表达水平 3、SAM tools 课上已经用sudo a...
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数量生态学笔记||冗余分析（RDA）概述冗余分析（redundancy analysis，RDA）是一种回归分析结合主成分分析的排序方法，也是多响应变量（multiresponse）回归分析的拓展。从概念上讲，RD...
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记录学习生信的点滴
