%>%是管道符的意思，把左边的输出（不包括 <-之前的）当成右边的输入。 怎么分辨是列表，还是向量，还是数组，还是矩阵，还是数据框？ 数组和矩阵和数据框有维度，dim()一下...
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宏基因组（mNGS）简介（二）——临床应用和挑战1、mNGS流程及步骤重点 在临床实验室实施mNGS是一项复杂的工作，需要使用符合法规标准的质量管理方法进行操作。mNGS流程分为实验操作（湿实验）和生信分析（干实验）两个部...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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使用LUMPY检测结构变异
LUMPY是一款基于概率框架检测结构变异(structure variants)的软件, 它根据read-pair, split-read, read-depth和其他先验知...
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生信格式中的0-base与1-base
CheatSheet 首先先放上 0-based 和 1-based 的cheatsheet FormatTypeUCSC Genome Browser tables（USC...
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R可视化——小提琴图加载R包 1）设置工作目录 2）安装、加载R包 准备数据 2）处理数据、添加分组信息 使用vioplot包进行绘图 使用ggplot2包进行绘制 1）基本绘图 2）添加箱线图...
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请问，如何对突变的信息排序呀。我跑完的结果是，打开IGV图，选定区间后结果。 没有针对中间的区域进行base排序。
Linux IGV 自动画图 -- for 自动化报告
本着我自己能想到的别人肯定已经做过的原则，开始找有没有现成的工具。正好gith上有一个项目 IGV Snapshot Automator ，可以满足需求 git路径： htt...
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R语言中如何更改R包安装路径
R中包的安装位置默认是在C盘，经常出现C盘不够用，那我们就需要吧软件安装在其他盘中，包括R语言中R。 第一步：首先查看一下自己的安装位置,一般默认都是在C盘，我们就可以给他的...
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1092个人类基因组遗传变异的综合图谱（千人基因组计划）这次分享的是1000基因组项目联合会在2012年发表在Nature (IF:49.962, 2020) 上的文章An integrated map of genetic va...
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ggplot2 箱线图 分面顺序修改分面顺序问题的解决有张图 默认分面的顺序是按照字母的顺序进行的，从A到Z，但是有时候我们不想这样，如图要是我们想 fullprofessor 在前，这个时候就有问题了，难为了...
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R语言ggplot2作图好看的配色备选配色来源于论文 https://www.nature.com/articles/s41577-022-00707-2[https://www.nature.com/artic...
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70. 《Bioinformatics Data Skills》之pysam AlignmentSegment属性
pysam包使用AlignmentFile对象存储BAM/SAM文件，而通过AlignmentSegment对象存储它的read子集。AlignmentSegment拥有丰富...
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创建函数，R语言求解cutoff, AUC, 95%置信区间，敏感性，特异性
cal_metrics <- function(label, pred){ roc.p=pROC::roc(label, pred,ci =T) if (roc.p$au...
