@莎莉噢 不好意思刚看到,是的呀,但你需要load raw matrix,不是filtered。
用soupX对环境基因表达做估量和矫正基于液滴的单细胞捕获方法通常其单细胞液滴也会捕获环境基因(ambient RNA)。环境基因的表达由于并不来自barcode细胞,会导致基因表达矩阵计数不准确,更会影响用标记...
@莎莉噢 不好意思刚看到,是的呀,但你需要load raw matrix,不是filtered。
用soupX对环境基因表达做估量和矫正基于液滴的单细胞捕获方法通常其单细胞液滴也会捕获环境基因(ambient RNA)。环境基因的表达由于并不来自barcode细胞,会导致基因表达矩阵计数不准确,更会影响用标记...
参考文献:Confronting false discoveries in single-cell differential expression[https://doi.o...
熟悉R的朋友都会知道,dplyr包是对原始的数据集进行清洗、整理以及变换的有力武器之一。但是其使用会局限于你需要有打开R/R studio或者通过R脚本来执行dplyr。对于...
宏基因组(metagenomics) 宏基因组学(Metagenomics)也称为元基因组学,是以样品中的微生物群落作为整体进行研究的学科。自然界中约有99%的微生物是不能在...
T细胞简述 T细胞作为机体免疫系统中的中流砥柱,种类众多,跨越适应性免疫(αβT细胞)和天然免疫(γδT细胞)。而一般我们常说的在抗感染/肿瘤免疫中起主要作用的都是αβT细胞...
本文第一节源于周志华教授《关于深度学习的一点思考》提出深度森林的探索, 在此基础上对深度森林做了原理解析并实践。周志华教授,毕业于南京大学,欧洲科学院外籍院士,国家杰出青年基...
一、异常检测简介 异常检测是通过数据挖掘方法发现与数据集分布不一致的异常数据,也被称为离群点、异常值检测等等。 1.1 异常检测适用的场景 异常检测算法适用的场景特点有:(1...
@sxr码 就是把三个矩阵合成一个大矩阵。
用Harmony整合单细胞数据并用LISI评估整合效果harmony是一个非常流行的整合单细胞数据的算法,由于它的核心是用C++写的所以相比其他的类似算法快很多,如果单细胞样本量很大的时候推荐使用。 首先加载其文章中用到的一个示...
文章来源:Local PCA Shows How the Effect of Population Structure Differs Along the Genome[ht...
1. 线性回归(Linear Regression) 1.1 简述 在统计学中,线性回归(Linear Regression)是利用称为线性回归方程的最小平方函数对一个或多个...
一、介绍 生信流程搭建一般有 Shell,Python,Galaxy等流派,为了去尽可能的了解生信流程的搭建过程及压榨计算机性能。我这里使用 Nextflow 作为流程搭建工...
Chr:pos,不同的mutation。
Vartrix - 对单细胞转录组数据做基因分型对于不能用copy number来鉴定肿瘤细胞的癌症类型如血液癌,可以通过该细胞是否有mutation来区分肿瘤细胞和正常细胞。注意由于单细胞测序的深度以及3'端(或5'端)...
可以帮助区分。但由于单细胞测序大量的dropout,没有监测到突变的细胞并不能说是wild type,只能说是unknown。
Vartrix - 对单细胞转录组数据做基因分型对于不能用copy number来鉴定肿瘤细胞的癌症类型如血液癌,可以通过该细胞是否有mutation来区分肿瘤细胞和正常细胞。注意由于单细胞测序的深度以及3'端(或5'端)...
scRNA-seq已广泛应用于癌症相关研究,单细胞分辨率的转录组分析能够定量检测肿瘤内细胞表型多样性的分子活性。这样的高维数据需要计算分析,以提取有关驱动癌症发展、发病机制和...
写在前面 其实很多作者已经探索的差不多了,相关脚本、教程也很多,但我还是自己系统的总结一下吧。有时候感觉是浪费时间,但是在写的时候能发现并学习到很多新的知识,不断记录反思,也...
写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因(Frasergen[http://www.frasergen.com/])暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.Hi-C原理简介 1.1 ...
肿瘤免疫治疗是当前癌症研究领域的热点之一,而对肿瘤抗原特异性T细胞的全面分析一直是该领域中一项具有挑战性的工作。本研究中,作者通过单细胞转录组+TCR测序技术对肿瘤小鼠和黑色...
写在前面IGV能够将基因组的变异情况可视化,因此广泛应用于基因组学的研究中。下面我以windows下的IGV为例,介绍一下IGV在查看基因组变异方面的应用。 一.下载 下载链...