又是17点，周日，适合休息。这周周末没回贵阳陪家人也就只能回办公桌摸鱼。或许是我的心态有变化？当然，这并不影响。不能做大事，那就做一些小事。索性把积累的一些小事逐个捋捋，一一...
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随笔 | 如何「抹去」团队成员的创造力与激情
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同源染色体片段检测工具ColinearScan的使用写在前面 更好的阅读体验请移步这里。确定染色体同源片段是基因组学研究的一个重要方面，有助于揭示基因组在历史上发生的多种多样的进化事件，如DNA复制、染色体重排、基因丢失等。研...
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测序数据的深度、覆盖度等计算Coverage Depth 覆盖深度 mapping depth 基因组被测序片段（短读 short reads）“覆盖”的强度有多大？ 每一碱基的覆盖率是基因组碱基被测序...
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如何对基因组序列进行注释基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction...
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这个软件想在集群上跑起来还是蛮难的
macos下安装JCVI奇葩问题。
背景 JCVI不需要介绍了,唐海宝老师开发的python环境下的比较基因组学分析可视化利器。在依赖中可以看到需要matplotlib, 这哥们好像需要LaTeX,如果不装La...
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三代转录组系列：使用Cogent重建基因组编码区尽管目前已测序的物种已经很多了，但是对于一些动辄几个G的复杂基因组，还没有某个课题组有那么大的经费去测序，所以仍旧缺少高质量的完整基因组，那么这个时候一个高质量的转录组还是能...
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物种内共线性圈图绘制，有那么难吗？写在前面 我受够了！整天有人问，TBtools怎么画这个图 但是我其实只想回一句： 你画这个图干什么？有什么意义？你想说谈什么生物学故事？ 承认吧，你什么都不知道，什么都没搞...
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测序数据质控和预处理之fastp
1. 引言 下机的FASTQ数据通常需要进行质控和预处理，以保证下游分析输的准确性。fastp软件仅扫描数据文件一次，就可以完成FASTQC + cutadapt + T...
