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R语言实现OTU表的抽平分析
R语言实现OTU表的抽平分析 好久没有更新文章了，抱歉，今天我们先来讲一下抽平。相信大家平常在16s RNA 测序后，一般都会对测序数据划分后生成的OTU表进行抽平，保证保证...
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phyloseq包的使用
参考资料： https://www.yunbios.net/phyloseq.html https://joey711.github.io/phyloseq/import-d...
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【R画图学习8.1】PCA图主成分分析，即Principle Component Analysis (PCA)，是一种传统的统计学方法，被机器学习领域引入后，通常被认为是一种特殊的非监督学习算法，其可以...
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日行一善
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群落多样性之Alpha多样性（一）
学习生物学，一项很重要的事情就是理解概念。有一种方法就是直接从名字上理解概念。小RNA，是不是就是很小的RNA？宏基因组，是不是就是很“宏”的基因组？……答案很统一：必须是啊...
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微生物多样性alpha分析看不明白？看这里！在微生物多样性分析的报告中主要包括五个部分：Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种组成分析、进化关系分析、差异分析，其中Alpha多样性分析是生态学中生物多样性的一个...
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利用ggplot画好看的散点图、箱线图、小提琴图及叠加图小提琴图保留了箱式图的优势，有效显示中位数，范围和变异性，简单美观可看性强，今天给大家分享下绘制小提琴图、箱线图、及散点图的基本做法。 读入数据 绘制 三图合一
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微生物组16S rRNA数据分析小结: vsearch
本次笔记内容：vsearch超简介绍install vsearch (linux)常用command vsearch超简介绍 usearch的可靠替代，代码开源，没有数据量大...
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GEO数据库挖掘—生信技能树B站视频以下是B站生信技能树GEO数据库挖掘的课程笔记 主要内容及学习目的： 介绍GEO数据库：了解数据存放位置； 介绍GSE项目的3种下载方式； 介绍ID转换：使用R语言技巧实现基...
