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【DoRothEA】单细胞转录因子分析今天学习另外一个转录因子活性预测工具：DoRothEA。很多文章用的也是这个工具，看起来比pySCENIC好像快很多。其实，单细胞转录因子分析本质上是计算一种specific...
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【pySCENIC】拟南芥例子测试上面一个帖子，我们已经构建了拟南芥转录因子相关的motif数据库，今天我们随便找了一个拟南芥的例子来看一下，用的是一个叶片的例子。 注释也是粗略做了一下，只做测试，不做质量参...
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SCENIC—Single Cell rEgulatory Network Inference and ClusteringSCENIC是一种基于单细胞RNA-seq数据推断基因调控网络及其相关细胞状态的工具 这里介绍的步骤方法是针对在R环境中（GENIE3），主要是GENIE3/GRNBoost...
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单细胞测序分析之Monocle2包学习笔记前一阵子练习了几个单细胞测序分析，然而对于所用的R包并没有深入的学习。作为强迫症晚期患者，想知其然，还想知其所以然，所以打算仔细的学习这些R包的使用。这篇文章将深入的学习Mo...
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scRNA-seq拟时分析 || Monocle2 踩坑教程拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频...
