早睡早

peak_count进行分析有推荐教程吗？

单细胞笔记11-scATAC-seq上游数据处理

一直以来都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling，以及counts矩阵的关系，本文就来梳理一下scATAC-seq的上游数据处理中的...

江湾青年

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早睡早

请问博主，可以直接用peak_count进行分析吗？

单细胞笔记11-scATAC-seq上游数据处理

一直以来都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling，以及counts矩阵的关系，本文就来梳理一下scATAC-seq的上游数据处理中的...

江湾青年

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早睡早

请问博主，单细胞一个GSM（即一个生物学重复），双端测序，有两个SRR（即两个copy），后续cellranger怎么处理？

判断单双端测序文件

在GEO或者SRA上下载数据时候，我们往往需要区分单双端数据每一个GSM号代表一个生物学重复的样本（该例子为GSM1664614） layout若是标注了paired，则代表...

小潤澤

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早睡早

等博主更新后续可视化

四步完成单细胞数据调控网络流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06

适用背景 单细胞转录组调控网络分析是单细胞转录组分析内容的高级分析之一，本文将介绍SCENIC/pySCENIC的流程，具体原理和内容不展开，主要展示代码复现流程。R的SCE...

黄甫一

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