ImmuneScore不是所有免疫细胞加和，StromaScore也不是所有的stroma细胞加和？？为啥呀
Xcell实战xCell is a recently published method based on ssGSEA that estimates the abundance score...
发简信
IP属地：上海
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请问关于ImmuneScore和StromaScore
代码中: ImmuneScore = apply(adjustedScores[c('B-cells','CD4+ T-cells','CD8+ T-cells','DC','Eosinophils','Macrophages','Monocytes','Mast cells','Neutrophils','NK cells'),],2,sum)/1.5
StromaScore = apply(adjustedScores[c('Adipocytes','Endothelial cells','Fibroblasts'),],2,sum)/2
为什么ImmuneScore是所有免疫细胞加和除以1.5，StromaScore是所有stroma细胞加和除2Xcell实战
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@Limitation 本地安装，https://api.github.com/repos/dviraran/xCell/tarball/master
Xcell实战
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@王诗翔 已传好，谢谢
解析ABSOLUTE软件
简介ABSOLUTE ABSOLUTE是Broad研究所开发的一款癌症CNV分析软件，实质是一个R包，可以定量细胞的绝对拷贝数、肿瘤纯度与倍性，如果提供突变数据，还能探究克隆...
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@王诗翔 这是我输入的代码：RunAbsolute(
seg.dat.fn = "varScan.copynumber.sdundo.ko1.txt",
min.ploidy = 0.5,
max.ploidy = 8,
max.sigma.h = 0.2,
platform = "SNP_6.0",
copy_num_type = "total",
sigma.p = 0,
results.dir = "test",
primary.disease = "BLCA",
sample.name = "KO1",
max.as.seg.count = 1500,
max.non.clonal = 1,
max.neg.genome = 0.005)
输入文件：Chromosome Start End Num_Probes Segment_Mean
chrX 152793224 152793424 3 0.4793
chrX 152795424 155305478 641 1.205
chrX 155305578 155326437 6 1.8218
chrX 155326537 157017422 101 1.2285
chrX 157165428 157165628 3 1.6937
chrX 157174050 169987678 3011 1.1996
chrY 4014486 90761477 19 1.164
共有1035行，检查了下输入文件里没有缺失值解析ABSOLUTE软件
简介ABSOLUTE ABSOLUTE是Broad研究所开发的一款癌症CNV分析软件，实质是一个R包，可以定量细胞的绝对拷贝数、肿瘤纯度与倍性，如果提供突变数据，还能探究克隆...
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解析ABSOLUTE软件
简介ABSOLUTE ABSOLUTE是Broad研究所开发的一款癌症CNV分析软件，实质是一个R包，可以定量细胞的绝对拷贝数、肿瘤纯度与倍性，如果提供突变数据，还能探究克隆...
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大神，想请教下，提示如下信息：
Warning message:
In MakeSegObj(seg.dat.fn, min_probes = min_probes, max_sd = max_sd, :
NAs introduced by coercion
且输出结果为空，是什么原因？
感谢解析ABSOLUTE软件
简介ABSOLUTE ABSOLUTE是Broad研究所开发的一款癌症CNV分析软件，实质是一个R包，可以定量细胞的绝对拷贝数、肿瘤纯度与倍性，如果提供突变数据，还能探究克隆...
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