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Scanpy可视化函数汇总 -
scanpy | 基本单细胞数据分析流程scanpy | Preprocessing and clustering 3k PBMCs 本文记录使用scanpy处理3k PBMCs scRNA-seq数据的流程。 环...
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单组学的多变量分析|1.PCA和PLS-DAPCA和PLS-DA 我们使用SRBCT数据集来说明PCA和sPLS-DA。 安装并加载mixOmics包 示例数据集 示例数据是mixOmics包自带的经过标准化处理过的可...
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一文看懂10X VDJ
作者：童蒙编辑：angelica 01.什么是BCR和TCR B细胞和T细胞中发现的受体分别被称为B细胞受体（B Cell Receptor ，BCR）和T细胞受体（T Ce...
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ComplexHeatmap复杂热图绘制学习——3.热图注释（一）第 3 章 热图注释 热图注释是热图的重要组成部分，它显示与热图中的行或列相关联的附加信息。 ComplexHeatmap包为设置注释和定义新的注释图形提供了非常灵活的...
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R-ggplot2-箱图系列（2） 注释P值与组间比较R-ggplot2-箱图系列（1） basic - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/bafbd08b28ef]R-ggp...
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R绘制火山图 EnhancedVolcano+ggplot什么是火山图？ 火山图其实是一种很形象的叫法，它可以通过关注对象的落点从而直观地展示该对象的所属区域。其通常用于展示差异结果，比如RNA-seq差异基因展示。读懂了“火山”火...
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芯片数据和RNA-seq的差异分析流程由于太久没有分析过bulk数据了，前几天突然被要求分析一个文章的数据时有点乱了手脚，所以在这里想总结一下关于芯片数据与seq数据的差异分析流程。 假如你是小白，也刚刚了解NG...
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RNAseq-踩坑03 -- 差异分析 要用 read_countCOUNT: 高通量测序中比对到exon上的reads数。 FPKM: Fragments Per Kilobase of exon model per Million ma...
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TCGA数据下载和整理的三种方法TCGA数据下载方法：gdc-client，Xena和gdcRNAtools 需要下载的数据组学信息（样本）：（存储单个病人表达数据，需整理为表达矩阵） + （存储样本文件的...
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TCGA学习03：生存分析TCGA学习01：数据下载与整理 - 简书 [https://www.jianshu.com/p/79816a20cbb1]TCGA学习02：差异分析 - 简书 [htt...
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RNA-seq学习：No.4下游分析之DEseq2包差异分析基于上游分析获得表达矩阵后，就可以进行差异分析了，最基础的莫过于利用DEseq2包寻找差异基因。学习自b站视频生信技能树转录组视频~ 0、数据准备及前处理 由于目前在家不方便...
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RNA-seq入门（二）质控及fastqc报告解读一、质控 前面我们从GEO下好了SRA数据并转换为fastq文件，现在需要对fastq文件进行质控，这里用的软件为fastqc。首先建好文件夹用来存放数据 fastqc 这步...
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ggpubr包系列学习教程(一)ggpubr: 'ggplot2' Based Publication Ready Plots 一款基于ggplot2的可视化包ggpubr，能够一行命令绘制出符合出版物要求...
