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  • 楼主,有个问题不懂求助一下1.ped文件第六列不是表型吗?(pheno为处理好的表型文件, vcf为基因组文件)那vcf文件用plink转换为ped,但vcf没有表型内容呀?
    2.ped文件第六列表型是二分类(control和test组),那如果表型是身高这种连续型的变量(如果不转换为二分类处理)该咋办呢?

    重演一篇傻瓜式GWAS分析|培养兴趣专用

    重演一篇傻瓜式GWAS分析|培养兴趣专用[https://zhuanlan.zhihu.com/p/139428767] 发布于 2020-05-10 18:58 全基因组关...

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    重演一篇傻瓜式GWAS分析|培养兴趣专用

    重演一篇傻瓜式GWAS分析|培养兴趣专用[https://zhuanlan.zhihu.com/p/139428767] 发布于 2020-05-10 18:58 全基因组关...

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    GWAS分析基本流程及分析思路

    GWAS分析基本流程及分析思路[https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/10129785.html] 数据预处理(DNA genotypin...

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    GWAS分析-常用文件格式 (三)

    我们进行GWAS分析,必须得有数据,那么什么样的数据,什么样的数据格式才能保证GWAS正常分析呢。今天主要给大家分享一下进行GWAS分析常用到的几种数据格式。 (一).bim...

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    GWAS - plink文件类型

    plink文件类型 Plink常见格式有五种:ped,map,bed,fam,bim PLINK接受VCF文件作为输入,但在PLINK中使用的首选格式是带有结尾.ped(和....

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    GWAS - 基因型与表型的关联分析流程

    这里介绍的SNP数据与单一表型的相关分析流程 一、准备plink文件 ped和map文件转换为bed、fam、bim mydata为ped和map的文件名,不需要加后缀mak...

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    📚UTMOST(跨组织转录组关联研究)+FUSION+FOCUS+MAGMA+孟德尔

    视屏简介 UTMOST(跨组织转录组关联研究)+FUSION+FOCUS+MAGMA+孟德尔随机化_哔哩哔哩_bilibili[https://www.bilibili.co...

  • 英语散文翻译中的景色描写总结【持续更新】

    【描写夕阳,红霞,太阳】 1. the setting sun 夕阳,落日,夕阳西下 2. in the sunlight 在阳光的辉照下 3. a streak of pi...

  • RS号修改

    一行命令批量修改染色体和位置为RS号

    鉴于太多人问我怎么批量根据chr:pos查找RS号,在这里出一个教程。 注意以下教程展示的是修改hg19基因组版本的RS号,如果你的数据是其他版本的,请修改为对应版本的数据。...

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    2020-10-24 RNAseq 从fq开始分析全流程

    分析流程 1.上传四个样本原始就文件到服务器 参考https://www.jianshu.com/p/a84cd44bac67[https://www.jianshu.com...

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    2021-04-30 可变剪接与rMATS分析

    可变剪接(Alternative splicing):一个基因的外显子以不同的组合方式剪接形成不同的成熟RNA,由此产生的不同的 mRNA 可能被翻译成不同的蛋白质构体,因此...

  • 如何构建表达矩阵——RNAseq中游分析

    中游分析这个词是我杜撰的,用来强调表达矩阵构建过程并不简单。 0 前言 前几天Jimmy老师发了一篇 我用这个技能一杯咖啡的功夫就挣了800块钱,讲了他帮一个粉丝从公共数据库...

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    TCGA突变数据挖掘:把样本整理为突变型或野生型

    一从TCGA下载突变信息 这里下载的是maf文件 二把样本根据是否突变分为野生型和突变型 可以看到包含了突变基因和对应的样本 最后 感谢jimmy的生信技能树团队! 感谢导师...

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    4、RNAseq(4)--Hisat2进行序列比对及Samtools格式转化

    概况:使用处理后的fastq文件和基因组与转录组比对,确定在转录组或者基因组中的关系。在转录组和基因组的比对采取的方案不同。分别是ungapped alignment to ...