一、简介 limma应用于RNA-seq数据时，read counts被转换为log2-counts-per-million（logCPM）。可以有两种方式对均值-方差的关系...
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学习limma: Linear Models for Microarray and RNA-Seq Data -
遗传学 博士研究生在读
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使用limma、Glimma和edgeR对RNA-seq数据分析笔记1 摘要 简单且高效地分析RNA测序数据的能力正是Bioconductor的核心优势之一。在获得RNA-seq基因表达矩阵后，通常需要对数据进行预处理、探索性数据分析、差异表...
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DESeq2详细用法1.构建DESeq2对象 （1）从SummarizedExperiment对象构建DESeqDataSet对象 se为RangedSummarizedExperiment对象...
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好文章，值得分享！
TCGA数据下载和整理的三种方法
TCGA数据下载方法：gdc-client，Xena和gdcRNAtools 需要下载的数据组学信息（样本）：（存储单个病人表达数据，需整理为表达矩阵） + （存储样本文件的...
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STRING数据库的蛋白质相互作用（PPI）网络分析在转录调控相关的文献中，我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络（protein protein interaction network，PPI network）。具体而言，...
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R语言实现蛋白质相互作用网络——PPI可以用网页版做，但有上限2000个基因的限制。所以今天开发一下怎么用R飞一波。 1. 下载STRING数据库中蛋白质相互作用网络 2. 下载Uniprot ID转换文件 打开...
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本号停更
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利用R语言作PPI（免String网页和安装cytoscape法）原创来自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw，本人稍作修改，原文是针对小鼠，现改为人类当得到差异基因后，很多时候...
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limma 包的normalizeBetweenArrays和其他数据矫正方法原文链接：https://my.oschina.net/u/4503882/blog/4511789[https://my.oschina.net/u/4503882/blo...
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GSE83521/GSE89143去除批次效应老大在群里出的题，说感觉这个热图很诡异，然后中间我自己没有用boxplot查看数据的表达量，对于数据不能有正确的认识，导致一开始的deg的logFC都没有达到正负1的，最重要...
