摘要 两张图总结本文，以方便大家确定是否还有看下去的兴趣 写在前面 Emmm... 今天开放一个旧功能，全基因组基因密度统计。虽然是早前就写好的，但我一直没开放，主要是考虑到...
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TBtools | 全基因组 - 基因密度统计，充实你的图片 -
植物启动子-顺式作用元件-批量提取-预测-可视化分析写在前面 以前总看到问题是，基因结构可视化的问题；现在则变成了启动子元件的预测或者说可视化。这本身比较简单，也比较玄乎，所以我一直不是太乐意与别人讨论。但学院今天断网，手上的...
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TBtools基因家族分析详细教程(3)基因家族成员的进化分析2基因-共线性的定义与常见算法原理 物种内的共线性分析文件准备（物种比对到自身的.blast文件，物种基因信息文件.gff文件），运行MCScanX，输出collinear和t...
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TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析包括基因成员的序列特征分析（分子量等电点等）基于motif分析成员序列保守特征与可视化（蛋白与核酸，可用于挖掘未知，尤其是核酸水平-非编码水平的保守）基于domain分析成员...
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蛋白质亚细胞定位分析
亚细胞定位是指某种蛋白或某个基因表达产物在细胞内的具体存在部位，包括细胞核、细胞质和细胞膜等部位。传统的实验方法有，利用一些荧光蛋白如GFP、YFP，通过其在激光照射下发出的...
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基因家族分析3 || 蛋白性质和序列分析基因家族流程：基因家族分析（一） 基因家族流程：基因家族分析（二） =====================================================...
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亚细胞定位预测的方法——Cell-PLoc 2.0亚细胞定位预测的方法——Cell-PLoc 2.0 这是一款快速预测蛋白质的亚细胞定位预测方法的网站,网站的预测方法发表在Nature protocols 上，网站地址：ht...
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快速修剪-多序列比对结果-构建靠谱的进化树写在前面 年初在汕头婚宴上，我问一个朋友，现在在做什么工作。他回复了我： 但行好事，莫问前程。 现在看来，挺好。 构建进化树的基础是序列对齐，或者说多序列比对。做序列对齐的主...
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进化树的构建·再识——25.3.2018，需要重新进行跑流程/编辑系统发育树的构建在大学学过并用来做毕设，可是感觉自己在进化树的构建上面仍有一些知识/技能模块的缺失，恰好导师请了一位做进化的好友专门过来给我讲解了进化树的构建，让我能补齐一些...
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学会正确选择多序列比对（coding-sequences）软件前几天，实验室的师弟师妹通过本地blast获取一些没有基因组注释物种的蛋白编码序列。原本以为可以快速地进行下一步的选择压力分析，没想到却在多序列比对这一环节出现了棘手的问题。...
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基因家族分析一(NBS基因家族鉴定)一：准备文件 1. 拟南芥的基因组，CDS，蛋白，GFF以及HMM文件。 2.利用HMM文件搜寻pep文件 3.利用clustalw进行多序列比对，构建物种特定的NB-ARC...
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基因家族分析全套软件
基因家族生物信息学分析 （1）基因家族分析概述 旁系同源基因 基因家族可通过基因复制进行物种特异性扩增，主要有染色体片段复制、串联复制和反转录子转座等三种形式，可能导致功能丢...
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木薯KUP基因家族分析-基因组质量差也挡不住基因家族鉴定分析 基因家族基因家族鉴定类文章为最经济最快速的发文思路，这里通过一篇2018年发表的木薯当中的KUP基因家族鉴定分析的SCI来介绍下此类文章的行文思路。我们知道木薯的基因组没有组装到染色...
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荧光定量（qPCR）结果整理的辅助小工具写在前面 荧光定量（qPCR）早已是各个分子生物学实验室常用的简单的实验技术。十年的变化很大。10年前（我大一）到实验室时，常规的pcr都不舍得加多0.2ul的rTaq，更不...
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一张图一次性展示进化树-Motif Pattern-基因结构，却不能编辑树？如题。TBtools的 Amaizing Optional Gene Viewer 早已非常灵活。现在还有9分钟就第二天啦，用一张图回答这个问题。 答案是太简单。只是如何触发...
