赏菊须知 菊属植物种类繁多，又含多种栽培种，兼具观赏和药用价值，且染色体组结构从2n=18到8n=72之间，十分复杂，多年来难以攻破。 中药所所长陈士林研究员、副研究员宋驰博...
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基因组文章 | Chrysanthemum nankingense《Molecular Plant》 2018 -
生信 | 基因组组装实战（三）：Kmer评估基因组写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.Kmer定义 杂合Kmer...
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gce基因组特征评估 2019-07-24GCE下载安装 在Linux系统下，直接在下载链接ftp中下载安装。 GCE主要包含两个主程序：kmer_freq_hash，用于k-mer频数统计；gce，用于基因组特征评...
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2、RNAseq(2)--测序原始数据处理（Clean data）1、fastq文件 一般我们从公司里得到的原始测序数据都是属于fastq.gz文件, .gz是一种压缩格式的缩写，于是首先第一步是对这些压缩格式进行解压操作 解压好的文件即正...
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单细胞聚类---浅析监督学习与无监督学习
单细胞转录组分析在线性降维后通常要进行聚类，使用到机器学习的常用方法，主要分为有监督学习[supervised learning]和无监督学习unsupervised lea...
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R-Seurat单细胞数据分析流程Seurat standard pipeline[#seurat-standard-pipeline]创建Seurat对象[#%E5%88%9B%E5%BB%BAseurat...
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被子植物花器官发育的分子机制花发育是被子植物生命周期中一个重要的综合发育过程，涉及无限生长向有限生长及不同发育方式的转换，包括开花诱导、信号传递、属性决定、器官发生，既受环境因子（如光周期、温度等）的诱...
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scRNA基础分析-1:安装包、导入数据、过滤质控已经学习了转录组基本入门知识，现在了解、学习下单细胞转录组(scRNA)相关知识。依旧是站在巨人的肩膀上看世界，入门学习目前主要参考 微信公众号--生信会客厅的单细胞转录组分...
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文献学习044--[sc+st]鸡心脏发育的时空单细胞测序揭示细胞分化和形态发生之间的相互作用作者提供了数据和代码[https://github.com/madhavmantri/chicken_heart/security]。 1. Spatially resolv...
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【文献分享】兰花空间转录组植物空间转录组的文章其实并不多，除了前面分享的一篇华大做的拟南芥叶片的之外，这个可能是我看到的第二篇。所以，今天简要分享这篇发表在NAR上面的，复旦大学做的一个工作。 我们都...
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文献阅读-《Tutorial: guidelines for the computational analysis of single-cell RNA sequencing data》文献名称：教程：单细胞 RNA 测序数据的计算分析指南文献期刊：nature protocols发表时间：2021-1-9 摘要 单细胞 RNA 测序技术 (scRNA-se...
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scanpy官方教程2022||01-Preprocessing and clustering 3k PBMCs学习资料来源： scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io...
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scanpy官方教程2022||03-scanpy包核心绘图功能学习资料来源：scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io/...
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单细胞转录组数据如何处理线粒体基因什么是线粒体基因 线粒体是参与细胞凋亡启动和执行的主要细胞器之一。线粒体基因在大多数细胞中表达，其表达水平是细胞类型特异性的。也就是说这个也是和细胞类型及其状态有关系的。 为...
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【GEO数据库挖掘】三、表达矩阵代码参考： 1 构建新矩阵 图1 全部数据的箱线图，整体数据表达量在一条线上，表明可以比较 图2 检查样本分布是否有问题 2 回到GSE42872表达矩阵 还有很多需要加工的...
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【陪你学·生信】Bioinformatics For Dummies完结撒花
【陪你学·生信】序[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MzU2Mjc1OA==&mid=2247485255&idx=1&sn=2838...
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实验记录2：Cellranger整理fastq数据为表达矩阵在分析单细胞转录组测序数据前，我们需要将原始的fastq测序文件转化成我们可读的数据，最好的方法是将数据整理为基因-细胞表达矩阵，如此一来后续的分析就能够直接读取到某细胞的某...
