转自:https://www.jianshu.com/p/fd2b417ceff8[https://www.jianshu.com/p/fd2b417ceff8] 基因组中重...
发简信
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转座子（TE,散在重复）特征及其对基因组影响 -
fastq、fasta、bed、gtf、gff、sam、bam生信分析常见文件格式查看生信分析过程中的文件格式：除了原始测序数据fastq、fasta之外，还有基因组文件fasta格式，基因注释文件gtf格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如bed、...
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Fastp:质控 +过滤数据
常规的质控和过滤数据是fastqc+trimmomatic，据说fastp更快，而且一次完成质控过滤和出图。fastp的githubfastp的出版地址 1.Fastp 软件...
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samtools的安装和使用--------------- Nickier 2018-12-21 --------------- samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。能够实现二进...
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RNA-seq(5):序列比对：Hisat2比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2(官网https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
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NGS 数据过滤之 Trimmomatic 详细说明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始数据过滤对后续分析至关重要，去除一些无用的序列也可以提高后续分析的准确率和效率。Trimmomatic 是...
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FastQC的基本介绍FastQC的基本介绍: FastQC是一款基于Java的软件，它可以快速地对测序数据进行质量评估，其官网为：http://www.bioinformatics.babrah...
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本号停更
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SRA Toolkit的使用和安装从NCBI上下载SRA原始数据，使用SRA TOOLKIT 进行下载和转化。 1. 下载SRA Toolkit （注意找准自己的版本）https://trace.ncbi.n...
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RNA-seq分析流程
1、质量控制： 合并质控结果 Trimmomatic修剪去掉前端低质量碱基 2、比对到参考基因组(hisat2) 3、featureCounts计数(meta层面) 提取基因...
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Linux011 Sra toolkit安装及使用SRA（Sequence ReadArchive）数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括 454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos 和 C...
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sra-toolkit新版本和fasterq-dump命令笔记下载版本选择： 最开始下载了2.10.5最新版本，发现使用以前的参数会报错识别不了参数 应该是因为新版本参数有改变，另一个原因是新版本对linux版本及环境有要求，我用的是u...
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