发简信
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使用Cytoscape构建三层网络，并进行模块挖掘使用Cytoscape构建三层网络，并进行模块挖掘 我这部分要做的是”药物-不良反应-靶点”三层网络 虽然在做网络这方面我也不是很熟练，但是把过程和大家分享一下，可以交流，欢...
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差异代谢物的KEGG通路展示导读 关于如何将差异分析所得（上调或者下调）的代谢物进行KEGG通路的一个展示，除了利用大家熟知的Metaboanalyst[1]，以及R软件包Pathview[2]之外，今...
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气相质谱（GC）和液相质谱的区别在哪里？
气相质谱（GC）和液相质谱的区别在哪里？ 问：气相质谱（GC）和液相质谱的区别在哪里？ 答：提到质谱，相信很多科研初心者会第一反应就会联想到气相质谱GC和液相质谱，那么非常多...
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WGCNA分析 | 全流程代码分享 | 代码二--关于WGNCA的教程，本次的共有三期教程，我们同时做了三个分析的比较，差异性相对还是比较大的，详情可看WGCNA分析 | 你的数据结果真的是准确的吗？？[https://...
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如何自定义circos图的配色1.先来认识一下circos的配色体系 下载安装circos之后，在安装目录下面有一个png图片，上面显示的是circos支持的配色和字体样式。 在绘图过程中如何调用颜色？我...
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circos可视化LTR的相关信息circos的安装使用 参考资料 参考教程 https://www.jianshu.com/p/741e77c94714[https://www.jianshu.com/p/...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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使用LAI 指数评估基因组组装基因组组装完成后，可通过N50或者BUSCO，以及LAI评估组装质量。本文就LAI方法做一简单介绍。 基因组中的重复序列大体分为两类：串联重复（Tandem repeats）...
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R语言绘图包10--Circos图的绘制：circlize包R语言绘图包系列： R语言绘图包01--优秀的拼图包patchwork[https://www.jianshu.com/p/e57555d48c91] R语言绘图包02--热...
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2022-11-22教你如何使用gffread软件一、获取软件1、利用conda，简单快捷 2、下载安装这里用到了gffread (https://github.com/gpertea/gffread[https://git...
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python版的MCScan绘图最近发现了python版的MCScan，是个大宝藏。由于走了不少弯路，终于画出美图，赶紧记录下来。github地址 https://github.com/tanghaibao...
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WGD（全基因组复制）分析——Ka/Ks及4Dtv值计算一、4Dtv（四倍简并位点颠换率）的定义 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...
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其实MCScan画图也可以很好看最近发现了python版的MCScan，是个大宝藏。由于走了不少弯路，终于画出美图，赶紧记录下来 github地址 https://github.com/tanghaibao...
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2021-09-17比较基因组1. 基因家族聚类 基因家族是来源于同一个祖先，由一个基因通过基因重复和物种分歧而产生两个或更多的拷贝而构成的一组基因，它们在结构和功能上具有明显的相似性，编码相似的蛋白质产...
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全基因组复制 WGD |（二）Ka/Ks及4Dtv值计算转自：https://www.jianshu.com/p/9d28de3d18e6[https://www.jianshu.com/p/9d28de3d18e6] 一、4Dt...
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基因家族分析十（基因家族加倍分析）一：数据准备 自己去下载拟南芥的基因组，gff3，CDS序列，pep文件。 1.根据gff文件获得基因位置信息。 可以自己用awk抓，也可以写个perl,perl可以在我百度...
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基因组共线性工具MCScanXMCScanX一般是做基因组之间的共线性 一、MCScanX安装 MCScanX官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm下载MCSca...
