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使用fastuniq去除fastq中的PCR重复二代测序的去重是非常重要的一步，常规的方法都是在比对到基因组之后利用基因组位置的信息来去重，这样效率比较高，但有些时候我们要在拿到测序的fast...
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samtools部分功能推荐
-cInstead of printing the alignments, only count them and print the tota...
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在linux（ubuntu）中使用网页版的rstudioRStudio是R语言集成开发环境的应用软件，RStudio Server是一个基于web访问的RStudio云端开发环境，需要安装在服务器上，...
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MACS2为ATAC-seq callpeak
ATAC-seq作为检测基因组开放位置的重要手段，被越来越多的使用。而其call peak的方法也有很多，这里我们介绍的是MACS。MACS最初...
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用deeptools的computematrix/plotprofile/plotheatmap绘制基因组上一系列位置的信息，例如测序覆盖度等以ChIPseq为例我们想要看某一个转录因子在所有TSS附近的信号的平均，看在一个TSS附近直接用igv打开就行，但当我们看所有TSS或者给定一...
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有用的UCSC tools推荐
先上网站链接，这些都不需要安装，直接下载下来就可以用，比较便捷http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/...
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linux为不能上网的服务器设置代理，pip，wget，conda...
实验室服务器由于网络问题需要设置代理 export之后经常没用，不知道为什么，所以可以为每个命令设置代理 wget pip --user可以只为...
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macs2在python3下由于numpy不兼容导致无法使用
MACS2不知道为什么在python3里面安装了之后不能用，好像是numpy版本的问题，经检验python2.7依然可用。