在RNAseq的下游分析中，一般都会将上游处理完得到的原始counts数转变为FPKM/RPKM或是TPM来进行后续的展示或分析，其定义和计算公式在我之前的文章中有所总结Co...
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获取基因有效长度的N种方法 -
连锁不平衡以及连锁不平衡衰减[连锁不平衡粗俗的说就是：这几个基因耍流氓，喜欢抱团遗传，不再随机。而连锁不平衡衰减是指在基因组上，随着物理距离的增大，两个连锁的的等位基因的连锁程度不断减小。] LD衰减图...
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Motif分析百宝箱（一）
作者：snail审稿：童蒙编辑：amethyst What's Motif? 模体（Motif）是指序列中局部的保守区域，或者是一组序列中共有的一小段序列模式；与转录因子、组...
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单细胞测序（scRNA-seq）通关||数据处理必知必会单细胞转录组数据分析系列教程 sc-RAN-seq 数据分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jians...
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下载二代测序，单细胞测序数据SRA，fastq文件等SRA数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括 454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos 和 Complete Genomics。除了原始序...
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浅浅的学习历程<br>生信新手，打工人，搬运工。<br>像王子文一样财务自由，才可实现生育自由<br>像李子柒一样把一件事情做到极致，才可实现职业自由
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利用R包TCGAbiolinks进行各种数据下载下载TCGA数据的方法有很多，上一篇介绍了如何用gdc-client批量下载数据，基于网上有很多用TCGAbiolinks包下载数据的教程，所以也想学习一下这个方法。TCGA...
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照葫芦画图之统计描述（二）
说在前面 在上一小节，Immugent介绍了一些统计学描述的基本图表，在本次推文，小编将会进一步讲解对数据集中趋势和离散趋势进行展示的图表。 集中趋势是指一组数据向某一中心值...
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6-R读取多个文件并合并为一个文件R语言可以读取的数据格式 txt格式，分隔符默认为，或空格，可省略read.table(filename,header=TRUE)read.table(“text.txt”,...
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高通量测序与增强子相关研究高通量测序与增强子相关研究 对增强子、超级增强子相关研究作个汇总。 1 增强子鉴定 寻找目标增强子是研究增强子的第一步，也是引出下游分析及试验的开端。那么，如何寻找基因组中潜...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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ChIP-seq实践(H3K27Ac,enhancer的筛选和enhancer相关基因的GO分析)在实践之前，我先查找了一下有关组蛋白修饰的知识点：（参考文章：https://www.jianshu.com/p/8aca72809c5c） 组蛋白修饰能预测染色质的类型（异...
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Ruizheng的数据挖掘笔记汇总
Week1 R 基本操作 DAY1 生信技能树-数据挖掘第三期学习笔记 Hello, RDAY2 生信技能树-数据挖掘第三期学习笔记 向量与数据结构DAY3 生信...
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DAY4 生信技能树-数据挖掘第三期学习笔记Ruizheng 的学习笔记 感谢 生信技能树 小洁老师 函数与参数 形式参数与实际参数函数的几个概念 写函数的函数function() {} 补充知识：绘图函数 plot...
