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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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BUSCO - 组装质量评估BUSCO - 组装质量评估软件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs 额。直译的话就是普遍通用的单拷贝直...
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个人向ggplot2箱线图总结主要从如何看图、用图与作图三个方面来对箱线图进行理解和总结。 1、看图 如图所示，箱线图是将一组数据按照大小顺序排列后进行绘制的，包含6个数据节点，分别表示出数据的上边缘、上...
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单细胞数据为什么要去除批次效应？做单细胞测序的时候，我们往往用到不同时期或者不同测序平台的数据,即使是同样的细胞类型，也可能完全不能聚类到一个类群中，如下所示，这两个数据是不同时期做的同一个细胞，几乎没有交...
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大神你好，我想问下关于归一化和标准化你是怎么理解的？我不太清楚做这两步处理是为了消除哪些影响因素
单细胞转录组||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial
同系列文章： sc-RAN-seq 数据分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jianshu.com/p...
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单细胞转录组||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial同系列文章： sc-RAN-seq 数据分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jianshu.com/p...
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ATAC-Seq 数据分析（上）背景： 染色质和染色体的结构和功能 每一条染色单体由单个线性DNA分子组成。细胞核中的DNA是经过高度有序的包装，否则就是一团乱麻，不利于DNA复制和表达调控。这种有序的状态...
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集群任务管理系统SGE的简明教程
我用的一个服务器上装了一个集群管理工具(SGE, Sun Grid Engine), 用于从登陆节点上向计算节点进行任务投递。一开始，不太会用，但是经过一段时间的摸索学习后，...
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生信~一天学会Perl，你相信吗？刘小泽开始写于19.7.31写这个是因为看到龙星教程使用了大量的perl脚本，动辄4、5千行，例如https://github.com/WGLab/PennCNV/blob/...
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使用cd-hit对蛋白质或核酸序列进行聚类
2018.9.7 星期四 多云 biolearn cd-hit 是用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具，根据序列的相似度对序列进行聚类以去除冗余的序列，一般用于构建非冗余...
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基因组和转录组组装质量评估利器BUSCO（以大肠杆菌基因组质量评估为例）基因组和转录组组装质量评估利器——BUSCO（Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs） 一，BUSCO简介 该软件利用Ort...
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bioRxiv-高通量单细胞染色质图谱研究人体免疫细胞发育和肿瘤内T细胞衰竭单细胞领域伴随着单细胞分离建库等技术的发展，不少优质实验室也产出了大量的高水平文章，对于新型的ATAC-seq技术（鉴定染色质可接近性的方法），目前也广泛应用在单细胞领域...
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STREAM:一款scRNA-seq拟时分析工具scRNA-seq数据分析想必大家都比较熟悉了，自2014年nature biotechnology提出单细胞拟时分析或称为轨迹分析（Trajectory）已经有五个年头了。...
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生信 / 数据库 / 分类整理
生物与计算机的结合让生物进入大数据时代，为方便管理各种生物数据，科学家们开发了各式各样的生物数据库。了解与自己研究领域相关的数据库，并加以利用可能会使研究工作得到事半功倍的效...
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linux sort 命令整理
无论是工作中使用还是应付各种面试，linux sort 都是必须要掌握的 linux 基本命令之一。尤其是 linux sort -k 命令，经常会被搞晕，索性好好研究一下 ...
