空间转录组和单细胞转录组联合分析方法，有基于差异基因映射的多模式相交分析（Multimodal Intersection Analysis, MIA）[1]，基于marker...
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干货 | 空间转录组和单细胞转录组整合分析方法 -
空间转录组2022||空间数据反卷积RCTD分析：细胞类型鉴定参考教程链接： https://github.com/dmcable/spacexr[https://github.com/dmcable/spacexr] 官方教程： ht...
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空间转录组教程|| stLearn ：空间轨迹推断空间信息在空间转录组中的运用[https://www.jianshu.com/p/4804574c7838]Giotto|| 空间表达数据分析工具箱[https://www....
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Motif中的PWM矩阵PWM矩阵是表示motif的一种方式，全称是position-specificweightmatrix(PSWM)或者是position-specificscoringmat...
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homer安装和使用
介绍 安装 1.下载homer文件 网址：http://homer.ucsd.edu/homer/download.html 下载其中名为configureHomer.pl的...
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Mac添加环境变量（详）
macOS 下环境变量的配置文件 /etc/profile 和 /etc/paths 是系统级别的配置文件，后面几个是用户级的配置文件。 文件加载顺序： 系统启动时会按上面罗...
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生物数据格式 - bed格式 BED格式文件全称是 Browser Extensible Data，通过规定行的内容来展示注释信息。bed文件可以作为一个特征标识符， 来快速查找感兴趣的基因组区域，...
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DNA链方向上的小疑惑
虽然是做生物信息的，但是经常被一些基础性概念所困扰……而我又是一个强迫症，于是把这些乱七八糟的东西整理了一下，强行写了一篇小文章。东西太杂，但是彼此相关，实在想不到什么合适的...
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Seurat包------标准流程单细胞学习入门教程，里面的东西可以反复琢磨，标准分析基本上就这么多内容。教程中提到了大量的资源介绍，参数含义解读，甚至高级部分的简洁版算法介绍，结果解读，可视化方法，以及数据...
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linux 查看磁盘剩余空间的命令不同于windows，linux查看硬盘剩余多少空间，是通过命令查看。 Linux磁盘管理常用三个命令为df、du和fdisk。df：列出文件系统的整体磁盘使用量du：检查磁...
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单细胞数据整合分析——批次效应（batch effect）去除在单细胞分析当中，经常会遇到整合分析的问题，即去除多样本数据之间的批次效应（batch effect），那么什么是批次效应呢？简而言之，批次效应就是由于不同时间、不同实验人员...
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单细胞分析踩坑实录：DotPlot()之'RNA' assay还是 'integrated' assay?前段时间在生信技能树单细胞学习小分队分享单细胞文章复现，一不小心就踩了一个坑……记录在这儿和大家一起分享。 背景 主要是想复现2020年发表在 PNAS 上的一篇题为 Sin...
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小试牛刀——学会开Seurat函数“盲盒”
水有源，故其流不穷；木有根，故其生不穷。 长期以来，我们的单细胞分析仅仅停留在调包、套函数、……，这个过程会“蒙住”我们的眼睛，有些时候我们需要知道每个函数究竟在干什么才能够...
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R四大高效编程神器——apply家族
本节提要：apply()函数sapply()函数lapply()函数tapply()函数 熟悉R编程的人都知道R语言的apply家族，而R语言入门容易，简单学一学就能写出一些...
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【技能】使用Python提取基因结构bed文件
为了方便提取基因结构，写了一个简单的Python脚本，支持提取： exon intron UTR CDS start codon end codon 其中关于起始终止密码子的...
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Play with data：批量读取合并数据Bio_Infor回归帖 这是一篇十分简短的帖子，但我仍然觉得它很有用，直到你需要它时，你可能会有和我一样的感受。 背景介绍 现在我们有1000个文件，这些文件的列信息类型一...
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生物中的数学【二】为什么你的文库总是充满PCR duplicates？前言 PCR duplicate在NGS文库中是再常见不过的名词，对于需要自己建库的小伙伴来说可能会被折磨的“痛不欲生”，这篇帖子，我希望能用自己弱的不能再弱的数学知识加上一...
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Literature Review(1): A short but comprehensive comparison about tSNE, UMAP and PCA最近又有大佬发Nature Protocols了，题目为Tutorial: guidelines for annotating single-cell transcripto...
