今天我们复现一幅2020年发表在Cell上的热图。 DOI:10.1016/j.cell.2020.07.009 22 读图 将不同样本的基因表达情况用热图展示并将倍数变化条...
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跟着 Cell 学作图 | 复杂热图(ComplexHeatmap) -
scRNA-seq拟时分析 || Monocle2 踩坑教程拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频...
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10X单细胞（10X空间转录组）细胞组成变化分析之scCODAhello，又是周五了，比较忙，没有更，但是29周岁而立之年的焦虑还一直在，不知道怎么做才能缓解，好了，这一篇我们要分享一个新的方法，a Bayesian model for...
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文献学习005--[sc]如何开始单细胞测序数据分析这篇综述今年6月1日发表在Journal of the American Society of Nephrology[IF=9.274]上。 在过去的5年里，单细胞方法使得能...
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scRNAseq || 堆叠小提琴图(StackedVlnPlot)的4种实现方式最近一直在学习单细胞方面的知识，无意中看到别人的帖子在分享如何画堆叠的小提琴图(StackedVlnPlot)，顺便就学习了一下。发现StackedVlnPlot图确实看...
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CellChat：细胞间相互作用分析利器前言 我们知道，细胞间信息传递方式一个是细胞表面配受体的相互作用，另一个通过细胞产生的可溶性小分子，即细胞因子。在单细胞数据分析中下游，有时候我们想看某几种细胞类型之间的相互...
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10X单细胞（10X空间转录组）分析回顾之harmony的各种运用（联合NMF和python的harmonypy）隔离的第八天，孤独的情绪渐渐消散了，音乐，朋友，亲情，还有游戏，果然让心情会变好很多，有位圣贤说过，其实人过的快不快乐，并不是说我们拥有了房子，车子，还有和喜欢的姑娘在一起，...
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非负矩阵分解（NMF）应用于scRNAseq的细胞分群NMF算法简介 非负矩阵分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)的思想可以描述为，对于任意给定的一个非负矩阵V，NMF算法能够找到...
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10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之主成分分析（PCA）与因子分析（NMF）hello，大家好，随着分析的深入，PCA和NMF分析的"斗争"也越来越激烈，是时候带领大家来真正认识一下PCA和NMF的区别了。 方法背景 随着硬件技术的发展，每年被记录和...
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单细胞之富集分析-4：分组水平GSVA单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
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单细胞分析之细胞交互-3：CellChat常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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R语言ggplot2绘制热图展示GO富集分析结果的简单小例子昨天有读者在公众号留言问下面这个热图如何画 这个图的实现办法有很多，今天的推文介绍一下使用R语言的ggplot2实现上图的代码。 首先是构造示例数据 构造两份数据 一份是最左...
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单细胞转录组功能分析（超详细clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析中相当重要. 功能分析的方法很多，这儿我们主要讲述3种功能分...
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R语言代码-Nature主刊中相关系系数热图绘制需求描述 计算多个基因和免疫浸润的相关性，画出类似于文章中这种热图，用颜色展示相关系数，用**标出显著的。 出自https://www.nature.com/articles...
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Seurat绘图函数总结（更新版）更多重要函数见：Seurat重要命令汇总[https://www.jianshu.com/p/104f9290af8b] Seurat绘图函数总结 在使用R语言进行单细胞数据...
