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R语言学习笔记之相关性矩阵分析及其可视化TaoYan 计算相关矩阵 R内置函数cor()可以用来计算相关系数：cor(x, method = c("pearson", "kendall", "spearman"))...
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相关性分析 | R语言 -- 相关性矩阵及可视化感谢各位简友一直的关注。 请关注：感谢陪伴[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg4MjY2NTA2Nw==&mid=2247483891&...
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基于R筛选过滤低丰度物种的几种方式首先导入输入文件物种某水平的分类表 百分比转化 方式一 方式二 在微生物组数据分析中，样品分析之前我们经常需要对微生物组的丰度进行筛选, 过滤在任何样本中百分比小于1%的物种...
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PCA主成分分析实战和可视化 | 附R代码和测试数据一文看懂PCA主成分分析中介绍了PCA分析的原理和分析的意义(基本简介如下，更多见博客)，今天就用数据来实际操练一下。 在生信宝典公众号后台回复“PCA实战”，获取测试数据。...
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一文掌握R包DESeq2的差异基因分析过程转录组测序的最直接目的，就是设法寻找组间显著表达变化的基因，解释基因表达水平的变化对生物功能的影响。例如，肿瘤患者与正常人群相比哪些编码蛋白或非编码RNA分子发生了失调，这些...
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生信小白，在这里记录一些笔记
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你真的搞懂测序技术了吗——测序、第一代测序本文首发于“生信大碗”公众号，转载请注明出处 开始做科研之后的你想必经常听到“测序”这个词，以至于让你产生一种“这玩意儿，我懂”的感觉，但真让你去说测序是什么、怎么做的时候，...
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欢迎关注生信大碗~
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教你画一个掰弯的热图（Heatmap），展示更多的基因表达量难道，这不像孔雀开屏吗？ 写在前面 组学数据已经泛滥，但是信息的挖掘仍任重道远。顺手的工具，可以节省使用者尽可能多的时间，或者将看起来很复杂，很难以完成的事情，变得非常简单。...
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R语言ComplexHeatmap包做热图：热图每隔三行分开一小段这个是有读者在B站给我的留言问到的问题 热图每隔三行分开一小段 怎么实现？我最开始的想法是用ggplot2来做，将数据拆分，每三行数据做一个图，最后采取拼图的方式来实现。 后...
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R语言中的full_join、inner_join、left_join和right_join连接
两个dataframe数据之间的连接关系 经常会碰到需要把两个数据进行合并，大的方向有按“列”和按"行"合并两种方式，这里主要讲下按“列”进行合并，如下图，假设有a、b两个数...
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转录组DEGs聚类热图和功能富集分析写在前面：经常做转录组分析，就是把差异基因搞个火山图和Venn图看各组差异基因的共有和特有情况。看见有个比较好的选择，能直观比较各种处理带来的影响，如下： 来自Nature ...
