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  • scRNA = CreateSeuratObject(sce.big@assays$RNA@counts,meta.data = cellinfo)#重新创建Serurat object
    #这里我们使用SCTranscform代替Seurat流程中的NormalizeData ==> FindVariableFeatures ==> ScaleData步骤
    scRNA <- SCTransform(sce.big) 这一步已经建立了新的Seurat对象scRNA,为什么又让scRNA=SCTransform(sce.big) ,那上一步的scRNA不是白做了吗?而且这里的sce.big已经进行过标准化了,为什么还要在用SCT来一遍,直接用sce.big进行harmony不可以吗?

    单细胞流程复现

    最近有点时间,打算复现一篇单细胞的文章。记于2023/03/28参照文章:Single-cell RNA landscape of the osteoimmunology m...

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    单细胞流程复现

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  • 添加相关基因:用来计算细胞周期评分 这一步报错怎么解决呀?
    Error in h(simpleError(msg, call)) :
    error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'unique': no slot of name "var.features" for this object of class "Assay5"

    单细胞数据挖掘实战:文献复现(三)降维、聚类和细胞注释

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  • samples_raw_data <- list()第一种方式读取加一行这个,不然后面提示找不到samples_raw_data

    单细胞数据挖掘实战:文献复现(一)批量读取数据

    最近开始接触单细胞数据,网上也有很多学习资料,琳琅满目,我也挑了一些视频资料进行学习,不过感觉还是需要进行实战训练才能更好地掌握这些知识,所以选了一篇2021年发表在natu...