scRNA = CreateSeuratObject(sce.big@assays$RNA@counts,meta.data = cellinfo)#重新创建Serurat object
#这里我们使用SCTranscform代替Seurat流程中的NormalizeData ==> FindVariableFeatures ==> ScaleData步骤
scRNA <- SCTransform(sce.big) 这一步已经建立了新的Seurat对象scRNA,为什么又让scRNA=SCTransform(sce.big) ,那上一步的scRNA不是白做了吗?而且这里的sce.big已经进行过标准化了,为什么还要在用SCT来一遍,直接用sce.big进行harmony不可以吗?
单细胞流程复现最近有点时间,打算复现一篇单细胞的文章。记于2023/03/28参照文章:Single-cell RNA landscape of the osteoimmunology m...