测序上游分析系列: mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵:上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline:从raw r...
还是monocle2好用,但是近期升级了seurat v3,RDS却转不了m2能用的,看了楼主的帖子,厉害了
scRNA-seq拟时间分析数据处理拟时间分析简介 拟时序(pseudotime)分析,又称细胞轨迹(cell trajectory)分析,通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程,在发...
拟时间分析简介 拟时序(pseudotime)分析,又称细胞轨迹(cell trajectory)分析,通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程,在发...
对单细胞RNAseq数据常规的分析经常会有对细胞间的相互作用 的分析(cell-cell communication)。这里介绍一个简单的分析包celltalker,通过寻找...
楼主,关注你的文章好久了,收益匪浅。能研究下如何创建自己的数据集吗🙏
趁热打铁--scRNA cell-type specific responses在前面盲人摸象--single cell sequencing的Seurat学习--详细版这篇文章之后,我膨胀了!感觉好想好想学习,因此,依据之前阅读单细胞文献的经历,将自己...
如何创建自己的数据集?万分感谢
SeuratData||你需要的单细胞数据分析实例数据合集SeuratData是一种使用R的内部包和数据管理系统以Seurat对象的形式分发数据集的机制。它代表了一种方便用户访问Seurat中使用的数据集的方法。 我们创建了seur...
NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析...
谢谢分享
找出cluster的差异基因并进行GO和KEGG分析单细胞测序数据经Seurat包tsne降维聚类后,得到cluster,如何找出cluster的marker并进行GO、KEGG分析 需要R包:Seurat、clusterPr...
单细胞测序数据经Seurat包tsne降维聚类后,得到cluster,如何找出cluster的marker并进行GO、KEGG分析 需要R包:Seurat、clusterPr...