作者：赵玥审稿：童蒙编辑：angelica 引言 单细胞RNA测序是目前的一大热门。通过单细胞RNA测序，能够带给我们原来 bulk RNA 测序所得不到的信息，对于研究发育...
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单细胞RNA系列专题之一：单细胞RNA测序中质控之重要细节 （下篇）
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单细胞转录数据分析之ScanpyScanpy 是一个基于 Python 分析单细胞数据的软件包，内容包括预处理，可视化，聚类，拟时序分析和差异表达分析等。https://genomebiology.biom...
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单细胞转录组之Scanpy - 样本整合分析处理单细胞不可避免的一个问题就是样本整合问题。那如何将不同器官，不同测序平台，不同物种之间的单细胞数据进行整合分析呢？Scanpy使用python语言构建了一套完整的单细胞分...
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RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差异基因分析→ggplot2作火山图→biomaRt转换ID并注释请一定看这里：写下来只是为了记录一些自己的实践，当然如果能对你有所帮助那就更好了，欢迎大家和我交流 差异分析流程: 1 初始数据 2 标准化(normalization)：D...
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10X单细胞（空间转录组）数据整合分析批次矫正之liger各位童鞋，大家好，又到周一了，今天我们来分享一下一个批次矫正的方法-----liger，在这个之前呢，我分享过Seurat多样本整合去批次的原理，文章在Seurat包其中的F...
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[Paper] || 单细胞批次校正算法 Batch effects in single-cell RNA-sequencing data are corrected by matching m...问题背景 由于生物技术限制，有时一次实验可以测得的数据较少，我们需要将几个批次的细胞数据合并进行下游分析； 数据合并时会出现批次效应（Batch effects），不同实验人...
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GEO数据挖掘小尝试：（三）利用clusterProfiler进行富集分析clusterProfiler 是业界大神Y叔写的一个R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO（Disease Ontology analysis）、Reacto...
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clusterProfiler: 分析+可视化GO和KEGG富集的转录组R包写作之友 基因和基因簇的功能谱 (functional profiles) 的统计学分析及可视化 G Yu, LG Wang, Y Han, QY He. clusterPr...
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【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小结
前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了，网红教授宣传得很成功，功能也比较强大，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。简单总结下用法，以后用时可直接找...
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ClusterProfiler做GO、KEGG富集（一）
今天新学会了clusterprofiler，把学习过程记录下来。Clusterprofiler是Y叔开发的一个R包，功能强大，常更新，还有美观的可视化图片。 安装 下载物种注...
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clusterProfiler基因功能富集分析 +气泡图1. 非模式生物 非模式生物需要提前从AnnotationHub抓取目标物种的OrgDb数据库，这个库里包括Uniport，ENSEMBL，ENTREZID，REFSEQ，G...
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R绘图|ggplot2火山图的绘制
上一期R绘图|ggplot2散点图的绘制简单介绍了散点图在高通量数据展示上的作用，以及如何绘制？散点图在数据展示上存在局限，只能体现基因的差异幅度，并不能体现统计学意义。因此...
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ggplot2：堆积柱状图与饼图间不得不说的故事学会用ggplot2画堆积图就等于学会画饼图，这样一石二鸟的干货，还不继续往下看吗？ 堆积柱状图（或百分比堆积图）与饼图都是我们常用的直观描述数据占比的手段，它们的区别主要就...
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「R shiny基础」使用shinyapp分享你的Shiny应用在编写好一个Shiny应用之后，如何让其他人也能使用呢？有两种比较常见的方法： 提供源代码：将代码通过邮件，网盘或者GitHub的形式进行分享，适合一些比较小型的应用，同时对...
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ggplot2画分组的堆积柱形图简单小例子之前有读者在公众号留言问开头的图应该如何画？我第一眼看到这个图简单的理解为了堆积柱形图，加折线图。所以基本的想法就是构造两份数据来画这个图，第一份用来画堆积柱形图，第二份用来...
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R函数实现单细胞StackedVlnPlot作者：ahworld链接：R函数实现单细胞StackedVlnPlot来源：微信公众号-seqyuan著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 上图这样的单细胞Stac...
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R circlize包 和弦图
[参考来源](https://jokergoo.github.io/circlize_book/book/the-chorddiagram-function.html) [原...
