可以分享一下可视化的方法吗
基因家族分析 | 预测基因家族收缩与扩张(orthofinder,cafe)以下参照 hoptop的「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析这篇帖子试跑了一遍 1.软件安装 2.数据准备 下载「基因组学」使用OrthoFinder进...
老师您好,我想问一下我运行完orthofinder,genetree文件夹下面啥也没有是什么情况呢
基因家族分析之orthofinder后续结果的R分析基因树利用orthofinder分析基因家族后,可以获得genetree和speciestree 结果。我们可以利用R包来可视化基因树和物种数,并对其进行简单的编辑。 1.下载安装...
一、OrthoFinder的安装 使用之前记得查看帮助文档: 二、OrthoFinder的使用OrthoFinder需要蛋白编码的Fasta(fa)文件作为输入,所以首先我们...
怎么解决的啊
为什么orthofinder的结果没有gene_tree的文件?我重新运行了三次,但总是没有gene_tree的文件,我真是要哭了,怎么就是没有结果呢?难道是数据文件没有处理好?但是我是从ncbi下载的fasta蛋白序列,我也检查了,没有...
Homolog是同源基因。 Orthologs,Orthologues 直系同源,是指不同物种之间的基因,起源于共同的祖先,基因功能可能一样,但又因为进化的关系,使得功能有...
首先非常感谢Cj大神开发出来的TBtools生信工具,为生信分析做图带来了极大的便利。作为生信小白,在做多物种间共线性分析时,尝试了多种方法,苦于没有计算机基础,一直没能完成...
写在前面 没想到,上个选修课,准备示例数据和镜像上,竟然花了我三四天....主要原因还是,「网速太差」。搞七搞八,终于搞定。尽管整完之后,我其实担心学生拿到这个使用文档也不知...
@苍樱拍子_3bfe 没有呀
7. Blast2Go2019.12.4 https://www.blast2go.com 不知道为啥我的注册码激活不了,试了很久,都不行,哎。出现Please use the OmicsBox ...
您好,请问在ko列表样式转换,基因id和蛋白id是如何对应的啊,然后在运行的时候总是这样子报错IndexError: list index out of range
基因功能注释根据已有的蛋白库,对从基因组上提取到的蛋白序列进行比对,从而获得相应的信息。 常用的数据库: Nr:NCBI官方非冗余蛋白数据库,包括PDB, Swiss-Prot, PIR...
很多时候,我们一直想做到出色,做到出彩,但是比我们优秀的人,却在相同的方向上,做了十年,出彩了十年,而且他们没有停下脚步~~ 写在前面 Emmm,GO注释常常是一个有点争议的...
写在前面 早前已经推过《新手eggNOG-Mapper详细教程》,但仍然有很多人遇到使用问题。换句话,可能那个教程不能彻底解决大伙遇到的问题。于是我决定写一个完美的教程,彻底...
2019.12.4 https://www.blast2go.com 不知道为啥我的注册码激活不了,试了很久,都不行,哎。出现Please use the OmicsBox ...
注册的时候提示Captcha Empty. Please retry.也没有看到哪里也填写,请问有解决的办法吗
7. Blast2Go2019.12.4 https://www.blast2go.com 不知道为啥我的注册码激活不了,试了很久,都不行,哎。出现Please use the OmicsBox ...
OrthoFinder结果文件 运行标准OrthoFinder会产生一系列文件:直系同源组、直系同源、基因树、物种树、基因复制事件、比较基因组学数据。结果文件在所分析物种的....