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中山大学在读大四学生，生物技术专业，课题方向为生物信息学。未来攻读公共卫生硕士学位。
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matplotlib绘制箱型图、误差棒图、堆积图等图形1.箱型图箱型图是由一个箱体和一对箱须所组成的统计图形。箱体由第一四分位数、中位数（第二四分位数）和第三四分位数所组成的。在箱须的末端之外的数值可以理解成离群值，因此，箱须是...
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【分享】使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析易如反掌原文来自这里，略编辑 摘要 简单且高效地分析RNA测序数据的能力是Bioconductor的核心优势。 RNA-seq分析通常从基因水平的序列计数开始，涉及到数据预处理，探索...
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【awk】 '!a[$0]++'去重原理分析
原文 很多人都知道awk '!a[$0]++' file可以去除文本中重复的行，但是对其到底是如何去重的却不是很清楚，所以这里就单独来分析一下这个命令。 首先我们要知道这条命...
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OrthoFinder寻找同源基因并建树提到寻找物种之间的同源基因，大家一般想到的是OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/） ，OrthoMCL是现在用的最多的一款来找直系同...
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找基因所在的通路新的任务，找到这 276 genes encompassed nine major DDR pathways:base excision repair (BER),nucle...
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测序了，然后呢（四）有了OrgDb才能进行富集分析刘小泽写于19.1.20-21要进行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每个基因对应什么样的GO/KEGG分类，OrgDb就是存储不同数据库基因ID之间对应关系，以及基因与G...
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【Bioconductor系列】如何用Bioconductor对基因组注释
这一次，我们来聊聊基因组注释。首先问自己一个问题，为什么要进行基因注释。就我目前而言，它用来解决如下问题： 在mapping-by-sequencing的时候，我找到了一些可...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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LD衰减图的理解与应用
在群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是最常见的分析内容，也是关联分析的基础。如何正确理解并且进行相关的LD连锁不平衡分析是群体遗传中很基本的一件事情。下面和大家一起学习一下...
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确认过java 版本，GSEA遇上正确的运行环境
背景：Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whethe...
