好不容易拿到了自己的空间转录组数据,心情激动、跃跃欲试,想赶快去实施一下自己的idea,可是又不会写代码,只能干等着?当然不是,其实你完全可以实现不写代码完成自己大部分数据挖...
好不容易拿到了自己的空间转录组数据,心情激动、跃跃欲试,想赶快去实施一下自己的idea,可是又不会写代码,只能干等着?当然不是,其实你完全可以实现不写代码完成自己大部分数据挖...
作者,Evil Genius 昨晚响应号召,一直值班到凌晨4点,各方面的消息来看,昨晚没有跳桥的。 但是官方的态度真让人寒心。 今天太原下雨,我们来画一画图吧,做空间分析的童...
作者,Evil Genius 现在高精度的空间平台慢慢成为了空间分析的主流了,所以我们需要更新分析的流程和内容了,已经更新了很多了,但还是不够。 今天我们需要更新的是,高精度...
作者,Evil Genius 最近有一位学员问,为什么公司更新升级流程需要这么多的内容? 原因很简单,所谓流程升级,需要调研,把所有的分析方法、算法、使用场景、优劣势全部总结...
作者,Evil Genius 课上我们提到过,10X HD的分析,一刀切的8um、16um 的分析方式从准确度上来讲只能打60分,结合图像信息重构单细胞级别的空间数据可以打8...
作者,Evil Genius 妹妹结婚,我呢,婚礼正进行的时候,相亲对象给我发微信,我觉得我们不合适~~~,相亲对象,一面之缘。 HD数据已经有了很多项目了,之前也一直提HD...
作者,Evil Genius 10X HD的文章,这是第一篇实验类的文章,还是华中科技大学发表的,相当厉害。应该是在烈冰做的。 人生得意须尽欢,莫使金樽空对月。 从目前来看,...
作者,Evil Genius 马上春节了,大家有没有想对自己说的话? 2024或许迷茫、或许低谷,但是都过去了,放上几挂鞭,2025再出发。 今日分享文献,HD + Cell...
作者,Evil Genius 初七了,马上就要上班了,昨天休息了一天,出去转了转,景区人山人海,简直了~~~ 2025年的周期也要开始了~~~ 随着Xenium和HD空间数据...
作者,Evil Genius 哎呀, Xenium和HD的空间项目进来了,又要有很多新的工作要做了。 很多分析呢,大家如果只是自己玩一玩,那随便做做就也可以了,但如果像我一样...
作者,Evil Genius 10X HD已经运行了很长时间了,陆陆续续也都出了一些文章了,其中实验类的文章,这是第四篇。 参考文章 知识积累 利用淀粉样蛋白-β(Aβ)免疫...
作者,Evil Genius 今天我们来更新数据分析的脚本。 细胞分割之前分享过,有三种分割方法,细胞核分割,细胞核扩展分割,细胞分割,其中我们想要的效果是细胞分割,但是现在...
作者,Evil Genius 马上周末了,大家做科研,也要注意劳逸结合,该休息就休息休息。 今日参考文献 我们都希望得到单细胞级别的空间精度,但事实是,现在几乎不可能,算法也...
作者,Evil Genius 先说一点题外话,大家做事情,一定要说到做到,做不到就不要承诺,承诺后如果确实发现做不到,要提前说明,千万不要不当回事,个人信誉非常重要,将来大家...
作者,Evil Genius 这一篇我们更新顶刊的方法部分 我们最想知道的就是空间的细胞通讯思路 来详细看看 首先是单细胞和ATAC的数据分析 visium的数据分析,Seu...
作者,Evil Genius 今天分享一个牛角尖问题。 大家做细胞通讯,应该都是选择的分泌式信号吧。 l例如cellchat。 那么接触式信号,虽然不多,空间要不要考虑呢? ...
作者,Evil Genius 时光荏苒,距离当初出事的时候,已经过去2年多了。 现在回想起来,一路并不轻松,一开始遭遇了网暴,失业,情绪处在失控的边缘。 不过经历一次还是很不...
作者,Evil Genius 今天我们复习。 需要实现的目标 1、目标细胞的邻域组成 2、不同组的邻域差异 3、空间特征分数 来吧, 大家一定要好好学习,我经历过了,深知一篇...
作者,Evil Genius 大家都是科研人员,自然有的在好一点的课题组,有的在差一点的课题组,这些我们无法改变,唯一能改变的,只有我们自己,偶尔说一说自己处境不好,可以理解...
作者,Evil Genius 今天我们分享一个分析方法思路。 在HD 16um(8um通常不采用)、Stereo-seq bin50以下(25um以下),在做单细胞空间联合...