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本文共分3部分。 首先介绍一下copyKAT原理和使用方法。然后提出一个关于细胞过滤的问题。最后提出一个解决问题的方法供参考。 1.copyKAT及使用简介 copyKAT是...

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一.样本表达分布 箱式图 小提琴图 概率密度分布图 以上三个图结合起来可以看总体样本表达分布图 二.样本的相关性 层次聚类树————通过计算点与点之间的空间距离对样本进行类别...

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最近看到一种地图很有意思，于是我就学了起来。 假如今年五一你要约你的女（男）朋友要去旅游，想从广州出发去上海，然后从上海去一趟南京，再从南京去一趟北京看天安门，看完天安门之后...

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包的github链接地址：https://github.com/rstudio/leaflet基于leaflet的中文扩展包出自chiffon大大github地址：https...

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老规矩，我们先放我们要达到的目标； 在开始绘制地图的时候，我本以后会和绘制，柱状图差不多，后来发现完全不是，它更难，更复杂，我这里讲一步一步的讲解怎么绘制以后上图的图。 这个...

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特别声明：本部分（系列）内容均来自顾祖光博士对ComplexHeatmap的介绍，仅为学习交流，尊重原创。 热图系列我们已经有： R可视化之ComplexHeatmap【一】...

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单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析中相当重要. 功能分析的方法很多，这儿我们主要讲述3种功能分...

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测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...

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一般使用 CMplot 绘制SNP密度图：包链接：https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要绘制 SNP 密度图，仅仅需要三列即可：a. 第...

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作者：白介素2相关阅读：R语言ggplot2绘制箱线图R语言生存分析04-Cox比例风险模型诊断R语言生存分析03-Cox比例风险模型R语言生存分析-02-ggforestR...

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前言 看了这么多期的 circos，都有点乏了，换换口味也是好的。 下面，咱就开始吧。 做生信分析，总是免不了要给基因 ID 和 Symbol 转换来转换去。 方法 一般要进...

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近日，因宿舍小赵同学看文章，看到一张关于相关性分析结果可视化的图表，并对其表达含义表示了百思不得其解，于是在我们的男神428宿舍引发了一波生信小热潮。可能对于大佬们来说这是很...

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一. 读取数据 因为我们一般自己录的数据都是excel表格的，对于读取excel，此处有一个小技巧 读取excel方法 1.把excel文件另存为CSV文件 2.按照读取cs...

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感谢各位简友一直的关注。 请关注：感谢陪伴[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg4MjY2NTA2Nw==&mid=2247483891&...

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大多数科研文章都离不开图表，尤其是图，熟悉一些绘图软件，并将图在文章和PPT中展示出来，是科研训练的重要内容。漂亮的文章配图能给自己的工作加不少分，生信宝典推出R的系列教程g...

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做差异分析需要的数据：表达矩阵和分组信息TCGA的数据只要表达矩阵就够了，因为其TCGA的样本ID比较特殊，样本ID的第14和15位是>=10还是<10就代表了这个样本是正常...

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一般比较简单的boxplot是这样的，2个对比组，一个P值，这种图很简单。 但是当你有多个分组时，比如有4个分组，需要两两之间比较，然后再添加P值，你会怎么做，有的小伙伴说可...