请问大佬如何安装的呢？
使用cellassign包进行单细胞类型注释分析（二）：Assigning single-cells to known cell types with CellAssignBasic usage 这里，我们使用cellassign包自带的示例数据简单演示其基本用法。首先，加载相关的R包和示例数据： 接下来，我们计算每个细胞的size facto...
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R_tips_1: ggplot作图显示中文
1、问题描述 ggplot2是R语言中最知名的可视化软件包，但是该包绘制图形中，中文显示会出现异常，例如： 可以看到，我们设置的X轴、Y轴以及题目都显示为一个个方块。 2、解...
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所以字体文件从哪下？
R_tips_1: ggplot作图显示中文
1、问题描述 ggplot2是R语言中最知名的可视化软件包，但是该包绘制图形中，中文显示会出现异常，例如： 可以看到，我们设置的X轴、Y轴以及题目都显示为一个个方块。 2、解...
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TCGA / 癌症简称 / 缩写 / TCGA癌症中英文对照
TCGA数据库中含有的癌症名称，简写和中文名称 Abbr英文名称中文名称ACCAdrenocortical carcinoma肾上腺皮质癌BLCABladder Urothe...
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CIBERSORT初探简介 CIBERSORT这款软件利用反卷积的方法，利用单细胞RNA-seq的数据，提取特征后，反推Bulk-seq各类细胞成分所占比例。这款软件目前推出了CIBERSORTx...
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请问为何在进行pbmc <- ScaleData(pbmc, split.by = "batch", do.center = FALSE)这一步，需要指定split.by这个参数呢？
单细胞笔记7-scRNA-seq去除批次效应的方法总结
Seurat Seurat整合流程与原理 使用CCA分析将两个数据集降维到同一个低维空间，因为CCA降维之后的空间距离不是相似性而是相关性，所以相同类型与状态的细胞可以克服技...
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10X单细胞（10X空间转录组）RNA速率分析之scVelo今天我们测试一下软件scVelo，这个软件应该很多人都用过了，但是玩的好的人，应该没几个。 加载 读取数据（loom, h5ad, csv）, 我的数据是根据velocyto...
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@金戈大王 哦哦哦哦好的，感谢你的回复。
OpenCV提取ORB特征并匹配
一、什么是特征？ 图像的特征（Feature），是图像上最具代表性的一些点。所谓最具代表性，就是说这些点包含了图像表述的大部分信息。即使旋转、缩放，甚至调整图像的亮度，这些点...
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你好，非常感谢你的分项。我有个问题想请教你：有很多张包含了很多个圆圈的图片，这些圆圈本应该是按照一定的规则排布的，但真实情况不是。我希望判断这些图片中那张图片最规则。请问我是否可以手动创建一个“绝对正确的模板图片”，然后用这个模板图片与那些图片进行比较，通过ORB特征并匹配来判断最优的呢？
期待你的回复，感谢。OpenCV提取ORB特征并匹配
一、什么是特征？ 图像的特征（Feature），是图像上最具代表性的一些点。所谓最具代表性，就是说这些点包含了图像表述的大部分信息。即使旋转、缩放，甚至调整图像的亮度，这些点...
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OpenCV的全称是：Open Source Computer Vision Library。OpenCV是一个基于BSD许可（开源）发行的跨平台计算机视觉库，可以运行在Linux、Windows、Android和Mac OS操作系统上。它轻量级而且高效——由一系列 C 函数和少量 C++ 类构成，同时提供了Python、Ruby、MATLAB等语言的接口，实现了图像处理和计算机视觉方面的很多通用算法。
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--un的输出是不是应该是 没有比对上的reads结果呢？参数说明是是这个：--un <filename>
Write all reads that could not be aligned to a file with name <filename>.如何处理NGS数据中的污染？
本次文章和大家讨论一个大家可能胡遇到很常见的一个问题，在测序中我们很难避免引入一些微生物污染或者人类的污染，例如，我想测序拟南芥，其中由于实验员的操作不够干净，很容易引入一些...
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@追风少年你好，我有关于sureat转scanpy的问题想请教你，希望可以得到你的帮助。首先，我希望基于seurat的降维和聚类结果进行后续的RNA速率分析，于是按照你说的把seurat的降维数据导出赋给scanpy成功了。然后，我的数据有两个分组，每个分组有四个重复，我觉得应该将同一组的四个重复合并起来做RNA率分析，于是期望使用scv.utils.merge进行合并但并没有成功，合并之后细胞数目反而变得很少，于是我想到使用seurat来进行合并作为scanpy的输入，操作为使用Seurat读入同一分组的四个loom文件使用merge进行合并，然后将合并的seurat对象使用SeuratDisk转为h5Seurat，再使用Convert转为h5ad格式。接着使用scanpy的read_h5ad读入这个合并的h5ad，可是我发现读入的文件缺少layers文件，无法执行scvelo的后续分析，后续我发现Convert可以指定seurat的某一个assasys，但scvelo的分析需要unspliced和spliced。请问：我该如何解决多样本合并的问题呢？希望你可以给出一点点建议，感谢😅😅😅
10X单细胞（10X空间转录组）RNA速率分析之scVelo
今天我们测试一下软件scVelo，这个软件应该很多人都用过了，但是玩的好的人，应该没几个。 加载 读取数据（loom, h5ad, csv）, 我的数据是根据velocyto...
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你好，请问用pytho读入之后adata = scanpy.read_h5ad("pbmc3k.h5ad")，seurat中的assays去了scanpy的哪里呢？
Seurat对象、SingleCellExperiment对象和scanpy对象的转化
Seurat官网：https://satijalab.org/seurat/articles/conversion_vignette.html[https://satijal...
