最近用Orthofinder做物种进化树，最后出来的物种树的结构跟已发表研究的结果差距较大，在我的印象里Orthofinder软件是用单拷贝直系同源基因进行建树的，然后跟老师...
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单拷贝直系同源基因构建物种进化树 -
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基因组组装和注释理论基因组组装 1.k-mer 那么我们首先要看一下k-mer是什么。它的定义是：是指将一条序列分成包含k个碱基的子字符串，如果reads长度为L，k-mer长度设为k，则产生的...
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基因结构注释（1）：从头注释前言 最近的推文将是一个大系列，目录就不放了，可能会有点多，主要涉及了基因注释，比较基因组学分析，基因家族分析等，大家看我博客的顺序就行。 基因注释参考链接[https://...
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基因注释：基于SNAP+Augustus+GeneMark的maker3 pipeline
我使用的maker版本为3.01.04 第一轮：将已知基因比对到基因组 包括两个部分：🔸屏蔽重复序列🔸将已知的转录组/蛋白序列与基因组进行比对 1.（可选）构建自定义重复序列...
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生物信息编程
