写在前面 我知道IQ-tree已经有很长一段时间了。不过我一直并没有使用它。主要原因是，常用的快速构建ML树的软件是FastTree，如果要求准确，我会在服务器上使用RaxM...
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IQ-TREE的使用 - 超快速用极大似然法构建进化树
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2021-01-03如何绘制选择性清除图（fst、pi、tajimad等）、）一、转载https://blog.csdn.net/yangl7/article/details/109323644 vcftools --vcf AxiomGT1.call...
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bcftools call snp
之前call snp 都是用samtool mpileup 以及bcftools view进行，但是版本更新忒快，故现在可直接使用bcftools mpileup 以及 bc...
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关于SNP的过滤（1）：如何使用vcftools进行SNP过滤
前言 很多关注我这个专题的朋友都在后台留言，说想了解更多关于SNP过滤的东西。是的，确实这是一个比较重要的问题。第一，过滤到一些低质量的SNP可以防止calling一些假阳性...
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关于SNP的过滤（3）：如何从NGS生成高质量的SNP数据集？
背景知识 随着高通量测序方法的出现，大量DNA序列可以应用于SNP的发现。这些数据中SNP的识别依赖于计算方法。它们取决于您是否对种系或体细胞突变感兴趣。往往它们通常将序列与...
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2022-03-10使用fastp进行数据过滤的参数说明fastp是啥？ 它是一个针对FsastQ文件的数据过滤软件，“快”所以取名有fast，这个软件是用C++语言写的，支持多线程。就是rawdata到cleandata的过程需...
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fastq污染源检测参考： 生信：2：sam格式文件解读[https://blog.csdn.net/genome_denovo/article/details/78712972]FastQ S...
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理解并操作BAM文件经过了第四节的长文，我想大家基本上已经知道了一个WGS流程该如何构建起来了吧。但在那一节中限于篇幅有两个很重要的文件我没能展开来讲，分别是：BAM和VCF文件。这篇我们先说B...
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施一公：如何提高专业英文文献阅读能力？
文章 | 施一公 来源 | 科学网博客 从小到大，我感性思维多一些，不善于读书。85至89年在清华生物系读本科期间，从未读过任何一种英文专业期刊。我受到的与英文阅读相关的训练...
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遗传学 博士研究生在读
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简化基因组的测序方法RAD-Seq(restriction site-associated DNA sequencing)最开始指的是2008年发表在PLOS ONE上“Rapid SNP di...
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基因流分析——D统计基本概念 基因渗入(introgression)： 是在遗传学中，指两个基因库间的基因流动，通常是经过种间杂交产生。基因渗入是一个长期的过程，它可能需要许多代杂交才能产生回交...
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西澳大学生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因组与群体基因组学的挖掘<br><br>简信不回答问题，有问题发至<br>lakeseafly50@gmail.com
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