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基因组组装
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  • chopper---过滤和质控你的测序reads

    有些时候，我们得到的测序reads，长度超过了测序平台的最长测序量或者说长度太短了不利于进行后续的组装，例如：HiFi测序一般在15kb~20k...

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  • hicPro+EndHiC(二)染色体挂载

    EndHic 想比较HiC-Pro，EndHic的安装就简单很多，就是下载即可用 EndHiC的安装 要用到的脚本都在文件夹下，直接调用就行 怎...

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    怎么去进行基因组的组装

    有很多伙伴，都在进行基因组的组装，但是具体需要干什么，从什么地方开始，下一步又应该做什么?并不是很了解。我用下面一份流程图来简单的说一下，整个基...

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  • hicPro+EndHiC(一)染色体挂载

    使用hicPro+EndHiC两个软件，对我们组装得到的contig数据进行染色体的挂载，得到我们所需要的scaffold水平的基因组文件。首先...

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  • flye的使用（基因组组装）

    软件介绍 Flye 是一种用于单分子测序读数（如 PacBio 和牛津纳米孔技术公司生产的读数）的从头组装器。它适用于各种数据集，从小型细菌项目...

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    HiCUP(Hi-C User Pipeline)

    软件介绍 HiCUP是一个处理由Hi-C和捕获Hi-C（Capture Hi-C，CHi-C）产生的测序数据的流程，用于对HiC数据进行质控（Q...

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    基因组去冗余（二）

    在上一篇我们介绍了一种去冗余的方法https://www.jianshu.com/p/f638ce6b7c8f,还有其他的基因组去冗余方法，可以...

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  • 基因组去冗余（一）

    去冗余 一般我们在组装简单的基因组的时候是不需要去冗余的，像龙眼、花椰菜、木瓜等都属于简单基因组，组装出来就可以进行下一步了，但是有些基因组是有...

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    hifiasm（高质量组装PicBio HiFi数据，同样也是可以组装T2T级别）

    hifiasm 如果你基因组是简单的二倍体，不复杂，不是高重复或者高杂合，测序数据还是PicBio HiFi数据，选择hifiasm进行组装是个...

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