3. 群体 - 文集

3. 群体

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单倍型 haplotype
单体型 (haplotype) 也称单倍型单体型(haplotype)也称单倍型，简单说就是一条染色体紧密相连的两个或两个以上基因座上一组等位...

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GWAS | 4.群体遗传结构、PCA、进化树
所有的分析都需要对snp进行LD过滤常见的群体结构的分析方法有admixture分析、系统发生数分析以及主成分分析等。 1、admixture...

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GWAS | 3. 群体结构之PCA主成分分析
前期准备给标记加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈现，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各个SNP位点的ID。先看一下最开始生...

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GWAS | 2.群体结构 structure
严格意义上说遗传进化中的群体结构应该包括PCA、群体进化树和群体STRUCRURE，传统的PCA和群体进化树只能直观的了解群体中个体的分类关系，...

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GWAS | 1.系统发育树
待整理

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GWAS | 基因型数据描述性统计
完成标记开发后，会得到基因型数据，首先要对基因型数据进行统计，用到的工具是plink，安装及基础用法见链接：plink安装及基础用法 - 简书 ...

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GWAS | 遗传力计算
遗传力又称遗传率，指遗传方差在总方差（表型方差）中所占的比值，可以作为杂种后代进行选择的一个指标。遗传力分为单株遗传力、家系遗传力、小区遗传力、...

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GWAS | 基因型缺失数据的填充
Genotype Imputation是在高通量测序中常出现的定义，按照义译就是基因型填充。要真正理解imputation这个概念，我们就需要先...

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GWAS | 最佳线性无偏估计量 BLUE值计算（多年单点有重复）
GWAS中使用均值、BLUP值还是BLUE值，邓飞老师有两篇帖子进行了介绍，链接如下，根据我的数据，我选择了BLUE值。在这里提醒大家，不要一上...

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