9篇文章 · 2423字 · 3人关注
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【表观调控 实战】九、获得差异基因.bed与批量富集分析这里是佳奥！表观调控分析的最后一篇，分析剩余RNA-Seq的数据，让我们开始吧！ 1 分离差异表达基因 第十二步，RNA-gene-bed。 重...
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【表观调控 实战】八、.bed/.bw文件可视化这里是佳奥！表观调控的分析进入尾声，我们来看看ChIP-Seq分析也会使用的可视化操作吧。 1 单个.bed文件可视化 回到第十步的环境。 获得...
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【表观调控 实战】七、韦恩图这里是佳奥，让我们继续作图的学习！ 第八步，peaks-overlap。 1 韦恩图（作者处理的.bed，参考dm3） 有时候会遇见我们实际使...
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【表观调控 实战】六、peaks相关性绘图与ChIPQC包使用这里是佳奥！初步注释了peaks，并在组件进行了比较，下一步便是用.bw文件计算相关性了。 1 ChIP-Seq分析结果：peaks相关性绘图 ...
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【表观调控 实战】五、DEG分析与peaks注释分析这里是佳奥，我们继续RNA-Seq分析的结果探究。 第三步，DEG-差异分析。 1 RNA-Seq结果分析：DEG 归一化后表达量成一条线了。 ...
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【表观调控 实战】四、目标基因表达量、相关性的可视化与绘图这里是佳奥，这一篇我们主要在IGV内进行可视化操作。 由于只是学习过程，这里的数据我拿上一次跑ChIP-Seq的.bw文件作为示例。 仅做例子。...
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【表观调控 实战】三、RNA-Seq数据从比对到定量
上游分析的最后一部分，这里是佳奥，让我们继续吧！ 1 获取实验数据（双端测序） raw_fq：下载sra文件，转fq文件。 clean_fq：t...
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【表观调控 实战】二、ChIP-Seq数据从质控到Peaks calling这里是佳奥！让我们继续吧！ 这里使用的示例文件是：antiH3K27ry-1和antiH3K27ry-2，直接Google就可以找到。 不过呢，...
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【表观调控（RNA-Seq和ChIP-Seq联合分析） 实战】一、果蝇参考基因组和原始数据下载这里是佳奥！我们开始新篇章的学习吧！ 本次复现的文章： 代码参考： 1 果蝇参考基因组和注释文件准备 1.1 参考基因组网站 1.2 gtf注释...
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