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【ChIP-seq 实战】十、寻找motif这里是佳奥！ ChIP-seq分析的最后一篇。让我们开始吧。 序列motif往往是DNA上的反复出现的模式，并被假设拥有生物学功能。而且，经常是...
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【ChIP-seq 实战】九、使用R包注释peaks这里是佳奥！ ChIP-seq分析进入尾声。 在文件目录复制R Project文件，直接打卡R即可定位到该文件夹，不用翻文件了。 我们现在需要的...
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【ChIP-seq 实战】八、可视化（deeptools部分）这里是佳奥！ 找到了peaks以及peaks的分布，我们继续学习deeptools软件的更多内容。 先前我们学习了利用deeptools，把ba...
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【ChIP-seq 实战】七、可视化（IGV部分）这里是佳奥！ 获得了peaks之后我们导入IGV检查。 1 deeptools初探 bamCoverage的基本用法 得到的bw文件就可以送去I...
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【ChIP-seq 实战】六、使用macs2找peaks
这里是佳奥！ ChIP-Seq分析进入关键步骤。让我们开始吧！ macs2包含一系列的子命令，其中最主要的就是callpeak， 官方提供了使用...
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【ChIP-seq 实战】五、合并bam和去除PCR重复
这里是佳奥！ 获得了比对的bam文件，生成了index的bai文件，生成了比对结果stat文件。 合并bam文件和去除PCR重复没有严格先后顺序...
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【ChIP-seq 实战】四、fastq数据的质量控制和比对这里是佳奥，继续处理数据吧。 1 质量控制（trim_galore） 有点窒息，这个结果 所以需要进一步过滤。 发现过滤效果不错，可以进行下一步...
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【ChIP-seq 实战】三、得到fastq格式测试数据这里是佳奥！ 我们开始转化下载的sra数据。 top查看进程，正在运行。 fast-dump进程结束后查看文件，转化完成。 下一步就是质量控制，...
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【ChIP-seq 实战】二、软件安装和公共数据下载这里是佳奥！ 到了数据下载这一步，之前我都是在NCBI上直接用浏览器下载，不过有的数据寻找链接比较耗时，这一次开始我就使用sratoolkit来...
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