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MSCquartets使用MSCquartets是一个R包，可以对物种树进行假设检验，基于多物种溯祖模型（Multispecies Coalescent model）推断...
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merqury组装基因组评估：未完成
1.Busco完整度评估； 2.测序深度、覆盖度评估； 2.1使用samtools计算每个位点的测序深度 a) bwa比对b) samtools...
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blat比对，pandas包提取最佳比对结果（blat/blast/minimap2等均适用）BLAT（BLAST-Like Alignment Tool）是Jim Kent开发的一个类Blast的比对工具，有以下几个优点：1.比对速度快...
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差异甲基化分析：BatMeth2安装及使用
BatMeth2是一个综合的甲基化数据分析的包，相较于其他甲基化数据分析的包（DSS，Methkit等），BatMeth2独特的优势是可以对基因...
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使用DSS做差异甲基化区域（DMR分析）
DSS是一个可用于做RNA-seq差异表达分析或甲基化差异分析的R包，在做差异甲基化分析时，DSS对每个CpG进行统计检验，然后根据我们指定的阈...
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RNA-seq分析流程二：DEseq2做不同组间差异表达分析使用DEseq2循环做多组间差异表达分析 当有多组RNA-seq数据时，有时需要对多个组合进行差异表达分析，例如当我有CIM0/CIM7/CIM...
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RNA-seq分析流程
1.使用trimmomatic去接头； 2.使用star对参考基因组构建索引（30min）； STAR --runThreadN 8 --run...
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使用bismark进行甲基化分析并使用IGV对结果进行可视化Bismark是进行甲基化分析过程中常用到的软件，可以将bisulfite处理后的测序reads比对到参考基因组上，得到参考基因组相应位置的甲基...
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统计注释出的基因数目，基因长度，外显子和CDS长度做完基因组注释后需要统计一下基因长度，CDS长度和intron以及exon长度。 1.首先统计基因数目，直接使用linux统计： awk '$3...
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