基于NGS测序结果的数据分析技术 - 文集

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K-mer分析
独立实验将某随机试验重复N次，若各次试验结果互不影响，即每次试验结果出现的概率都不依耐于其他各次试验的结果，则称这N次试验是独立的。贝努利试...

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给BAM文件建立索引：用于可视化
当进行完比对后，有时想要在IGV里面直观的查看比对的结果，这时候就需要在IGV里面加载BAM文件。同参考序列一样，BAM文件在IGV里面进行加载...

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给FASTA文件建立索引2：用于比对
进行序列比对之前，需要首先对参考基因组序列建立索引，这样使程序在运行时能更高效的进行比对。用bwa工具举例（假设用于比对的参考基因组序列文件为A...

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根据项目编号从NCBI上下载样本信息
发表的文章，如果其数据储存在NCBI上，那么应该会在文章中告诉NCBI上的项目编号，我们可以据此下载这篇文章涉及的原始测序数据，样本信息，蛋白序...

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IGV的安装与使用
什么是IGV？ IGV=Integrated Genomics Viewer, 即序列比对的可视化呈现的一个软件。参考序列可以导入文件，也可以在...

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给FASTA文件建立索引1：用于查找
给FASTA文件建立索引的目的是为了更快速的访问序列文件的某一特定的内容。比如，可以通过指定基因组中的具体某个染色体上的某段位置，来找到其对应的...

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Samtools工具的安装
samtools用于操作Sam文件和bam文件，即储存序列比对信息的文件。1，首先需要下载samtools包的压缩文件，访问https://gi...

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检视和修剪测序结果中低质量的碱基序列
什么是bioconductor包它是一个开源的软件项目，该项目创建了基于R语言的生信包。这些包以仓库的形式提供，其以高产出数据量的处理工具为重...

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