1、log2转换判断执行 2、差异分析结果标记（1） 3、差异分析结果标记（2） 4.表达矩阵PCA绘图 5.基因注释 6.limma包差异基因...

基本思想：1、有些ensembl id里包含"."，按目前说法需要去掉2、用clusterprofiler包进行ID转换，然后向表达矩阵进行注释...

1.读入保存的表达矩阵数据 2.获取GPL文件并注释 3.数据检验和质控 4.聚类图和PCA图 5.差异分析 6.基因筛选 7.绘制火山图 8....

设置好gse_id和工作目录，基本全自动

设置好gse_id和工作目录

芯片数据质控 1.前后对比箱线图 2.提琴图 3.密度图 4.聚类图1 5.PCA图1 6.处理批次效应 7.再次查看聚类图 8.再次作图PCA...