生信遗忘笔记 - 文集

生信遗忘笔记

9篇文章 · 4746字 · 1人关注

circos画图，染色体band参数、着丝粒及间距
circos一般需要准备circos.conf、ideogram.conf。这里我们添加对染色体bands.conf的配置信息。细胞遗传学带（...

1.2 1060 0 2
使用grep命令提取指定基因信息
准备基因名称信息编写脚本没有得到结果文件，使用cat -v 命令查看文件格式，发现结尾有^M的标记 dos2unix是将Windows格式文...

6.2 1322 1 14 1
遗传图谱构建
遗传图谱产生的背景 20世纪开始现代遗传学进入了一个快速发展的时期，这时人们已经认识到生物性状的遗传由基因决定，而染色体又是作为基因的载体，整体...

2.6 4919 0 20
使用NCBI lifetree 查看所研究物种的分类
进化树：进化树在生物学中，用来表示物种之间的进化关系。. 生物分类学家和进化论者根据各类生物间的亲缘关系的远近，把各类生物安置在有分枝的...

2.1 3065 0 15
基因组学总结
基因组学的定义：基因组学的目的是对一个生物体所有基因进行集体表征和量化，并研究它们之间的相互关系及对生物体的影响。基因组学还包括基因组测序...

4.9 4459 2 32
使用EvidenceModel将基因注释结果合并
前期可以用cat将几个软件的结果合并进一个文件，这里只用基因预测和转录本预测两个结果：附件：evm下载包：链接：https://pan.bai...

1.5 1893 0 13
将测序文件中间文件夹去掉
拿到公司测序文件后，发现文件夹中间有一个名字没有规律的文件夹，给后面的分析带来了很大的困扰，使用cp 命令去掉了中间文件：接着将测序的双端...

2.1 291 0 10
使用hisat2+stringtie进行基因预测
比对到转录本，预测基因使用TransDecoder将结果整理成evm输入格式第一步整理后：

1.4 1415 0 12
linux 下实用的文本处理命令
输出两个文件相同的行：grep -wf 1.txt 2.txt 输出两个文件不同的行：grep -wvf 1.txt 2.txt 找出当前文件下...

1.7 494 0 12