在阅读文献的过程中，偶然发现了一个我不知道的名词“shadow enhancers”。所以为了更深一层了解文献内容，就简单的查阅了一下关于sha...

2021年开年第一篇笔记~ 这篇笔记主要记录DiffBind包的学习。在很久以前我写过一篇ATAC-seq分析流程（ATAC-seq分析练习[h...

FIMO官网教程 官网：这里[http://meme-suite.org/doc/fimo-tutorial.html?man_type=web...

关于查找motif，目前有很多种软件可以进行预测。我所在的实验室通常使用FIMO（MEME套件里的一个），但是有很多文献里也提到了HOMER这个...

之前使用IGV查看ChIP-seq结果的时候，一般就是只看某一个基因附近的peaks，或者同时打开好几个IGV界面(sessions)查看多个基...

参考文章：1.使用GREAT对peak进行功能注释2.用网页版工具GREAT来对CHIP-seq的peaks进行下游功能分析 前几天老板心血来潮...

关于ATAC-seq分析，在网上看到两篇关于同一片综述的翻译，写的很好：ATAC-seq数据分析工具的比较和推荐（Genome Biology综...

如果你有一条序列或者多条序列，想知道有哪些转录因子可能结合在上面？前两天老板推荐我使用MEME-CHIP网站预测（我们实验室经常使用的），当然还...

上一篇文章里讲到了如何进行ATAC-seq的简单分析（ATAC-seq分析练习）。在文献中（Cell Stem Cell 2017 Nov 2;...