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绘制小鼠特定通路GSVA图
做了小鼠的RNA-seq，目的是想看下实验组和对照组小鼠在特定通路下差异情况，方法用GSVA小鼠的分子特征数据库用msigdbr包提取，载入的包...
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estimate 包所有函数超详细解读及计算免疫浸润评分estimate包可以通过RNA-seq的数据来计算标本的免疫及机制评分，进而评估肿瘤的纯度，其原理通过特征的肿瘤的RNA-seq的signtu...
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RNA-seq下游分析（3）-rawcount转换为TPM及RPKM格式
因为我用的GTF文件较新，为realease101版本，因此需要自己生成转换文件需要的TxDb文件，首先需要安装GenomicFeatures包...
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RNA-seq下游分析（2）-数据过滤及标准化
以下对数据进行标准化
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RNA-seq下游分析（1）-数据预处理及分组整合可以看到每列为一个样本，每行为一个基因的ensmble。 目前肠矩阵中前20个样本为正常样本，后20个样本为肿瘤组织样本，后续我们根据样本的性质...
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RNA-seq上游分析（3）-使用featureCounts对bam文件进行定量
使用featureCounts对bam文件进行定量。
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RNA-seq上游分析（2）-hisat2对cleandata进行比对
!/bin/bash 复制所有数据到同一文件夹 ca=/media/zk/crlm/CRLM_RNAseq/Result-P101SC18100...
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RNA-seq上游分析（1）使用fastqc对原始数据进行质量评估
使用fastqc对原始数据进行质量评估
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RNA-seq上游分析（0）-Linux软件安装 miniconda及设置环境变量及软件安装
conda的安装 创建小环境 在小环境中安装生信软件
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