Avatar notebook default
snp相关分析
13篇文章 · 3320字 · 8人关注
  • Resize,w 360,h 240
    SNP数据的AMOVA分析 和 Mantel分析

    一 AMOVA分析 1 将 VCF 转换为 arp 格式，定义population PGDspider软件 2 导入Alrequin 并定义gr...

    1.5 5977 5 12
  • 兜兜百宝箱

    219 0 0
  • Stairway-plot群体动态图

    一 首先用BayesScan删除受选择的位点1.输入文件：PGDSpider将VCF 转为GESTE/BayScan格式，即下面的bates....

    0.4 7029 6 8
  • Fst

    vcftools计算Fst VCFTOOLS官网[http://vcftools.sourceforge.net/man_latest.html...

    0.4 589 0 3
  • 杂合度

    1 使用plink挑选个体 注意bsz.txt是要提取的样本名，为两列。

    0.1 926 0 1
  • 遗传多样性参数计算

    1 使用vcftool计算pi值 输入文件：SNP_qc0818.vcf,未LD过滤，若文件较大则过滤更好工作路径：/home2/yl/abi/...

    0.3 4054 0 5
  • Resize,w 360,h 240
    snp数据PCA分析

    1.质控和LD过滤 1.1 质控:删除信息缺失严重的个体和位点 plink2 --vcf zy_bsz-bi.vcf --mind 0.10 -...

    2.7 7188 0 13
  • PSMC分析有效群体大小（Ne）

    1 软件准备 bwa samtools bcftoolspicard psmc 2 数据准备 二倍体物种（该分析是结合杂合度来分析的）！！ Re...

    1.7 11022 8 21
  • plink计算近交系数

    1.提取个体list bcftools query -l SNP.filtered.vcf > ind.txt 2.计算近交系数 # 不能有mu...

    0.4 3217 0 6

文集作者