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2023-02-14——r修改r包安装目录
查看r包安装位置，一般都在home下编辑 然后再查看r包安装位置 接着删除之前的home文件
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2022-10-24_物种之间ID转换表格下载ensembl链接：http://www.ensembl.org/biomart/martview/abc8d48c9acf49029579e6aa3d303...
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11.BWA重新跑-qualimap-GATK重新跑的脚本 跑完之后的就有chr了 qualimap log的一部分截图如上面，跑成功了 GATK 1.1 markduplicate 跑完了...
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10-GATK的最佳实践-bqsr检查
前面sed跑完之后就可以跑bqsr了，sed还是很快的，在跑一下 看着一点第一个出来的log。recal，那个chrMT还有没有问题了 才跑到1...
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9-GATK的最佳实践-更改chr.bam的chrMT-chrM
重新运行bqsr, 一步一步来做 所以查看自己的chr的bam的文件，将chrMT修改为chrM 脚本 跑起来 这个脚本感觉很简单所以就直接在这...
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文章复现-全外显子数据分析学习7-bam文件载入igv可视化what is bam bam（或者是sam，cram）文件，是比对后拿到的文件，sam文件是纯文本，非常占用存储空间，bam是sam的二进制格...
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文章复现-全外显子数据分析学习6 qualimap下载CCDS install Qualimap :: Anaconda.org[https://anaconda.org/bioconda/qu...
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文章复现-全外显子数据分析学习4 去接头与质控教程在：肿瘤外显子数据处理系列教程（二）质控与去接头 (qq.com)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU...
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文章复现-全外显子数据分析学习3去接头前质控教程在：肿瘤外显子数据处理系列教程（二）质控与去接头 (qq.com)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU...
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