单细胞学习 - 文集

SingleR包可基于参考数据集，实现对单细胞数据细胞类型的自动注释。celldex包提供若干常用的人/老鼠的注释细胞类型的Bulk RNA-s...

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示例数据：GSE178911→GSM5400792→ SRR14915863~SRR14915866 https://www.ncbi.nlm....

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挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.g...

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scCancer包是2020年清华大学Jin Gu团队开发的一个专门用于分析肿瘤单细胞转录组的工具包。它集成了单细胞数据分析的基本流程(Seu...

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0、背景（1）在Seurat等包中，在进行挑选高变基因，PCA分析后，多使用SNN(shared nearest neighbor)算法进行单...

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一、细胞周期鉴定 https://teachmephysiology.com/biochemistry/cell-growth-death/ce...

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我所理解的cellranger软件理想原始输入数据就是SRA格式，然后利用sra-tools分为read、barcode+UMI、index三个...

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在单细胞测序下游分析中，当重点关注哪些基因在所有细胞平均表达显著时，可选取所选取的top基因进行可视化。 0、scater包方法在scater...

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之前都是拿到单细胞counts矩阵进行后续的分析，这次主要基于10X的cellranger软件学习单细胞原始的测序数据（sra/fastq）到表...

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