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生信分析
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    busco软件使用详解

    BUSCO[https://busco.ezlab.org] - 组装质量评估软件 BUSCO - Benchmarking Universal...

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    HIFISAM 组装

    hifiasm是一个能有效利用PacBio HiFi测序技术，在分型组装图(pahsed assembly gprah)中可靠的表示单倍体信息的...

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  • bam文件详解

    sam是短序列比对默认的标准格式，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，另外也可以表示其他的多重比...

    1.4 20232 2 15
  • 如何在Rawdata的fq.gz中找到一条read序列

    最近有个任务：在原始数据fq.gz文件中找到特定的read序列！！太难了，555.。。。。 事情是这样的： 在IGV中查看我的bam文件时，找到...

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    用IGV查看reads的方向

    IGV(Integrative Genomics Viewer)是一款本地即可使用的基因组浏览器，经常被用来做比对结果的可视化。它除了能够方便查...

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  • bedtools coverage 和 samtools bedcov 的区别

    最近需要将bam文件映射到bed上并统计，一番尝试操作之后发现：貌似samtools bedcov 和 bedtools coverage都能用...

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    bam文件画插入片段长度分布图

    对于ATAC文库而言，其插入片段的长度分布有着非常典型的规律，示意如下 每200bp会存在一个峰，这个周期性波动反应的是核小体的个数。在ATAC...

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  • read depth per BED region with BAM file（目标区域深度统计）

    输入按坐标排序过的bam比对结果文件和bed区间信息文件，统计bed文件中，目标区间内比对结果的深度信息。 关于SAM/BAM格式的介绍，参考分...

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  • 获取Unique reads

    在NGS数据中，Unique reads指的是只能map到一个位置的reads。要判断一条read是否unique，需要看SAM文件的optio...

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