11篇文章 · 7225字 · 1人关注
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【Linux blast比对】fastq转fasta比对到参考序列
FASTQ转换为FASTA 比对 参考资料： linux BLAST序列比对 （nt/nr库）[https://www.jianshu.com/...
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【Cytoscape网络图绘制】摸索入门篇这个软件就是为了绘制网络关系图，圈图等等酷炫的图片，例如这样： Cytoscape官网 一、配置环境和安装 安装Java 11 Java 11下...
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生信流程搭建（二）Ensembl数据库下载常用参考序列与对应的gtf文件、MT文件
在下载参考序列的时候遇到了很多大坑，对于一些不理解的版本信息，极力推荐去官网的ftp下载目录中查看Readme文档 一、下载参考序列fasta及...
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生信流程搭建（14）家鸡的参考基因下载与注释文件与生信流程搭建（13）拟南芥参考基因下载与注释文件配置方法类似 了解原鸡的拉丁名： 从部分常见物种拉丁名中文名对照直到家鸡的拉丁名为Gallus...
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生信流程搭建（13）拟南芥参考基因下载与注释文件配置在Ensembl数据库中下载拟南芥参考基因 TAIR是研究拟南芥的首选数据库，其他数据库中拟南芥的基因组数据都是直接来自TAIR 这里选择Ens...
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【RNA-seq基础】无参组装的转录本fasta转换生成gtf文件目的 一个新的物种（没有参考基因组）用Trinity从头组装得到的转录本fasta文件，需要将其转换成gtf文件 思路 用http://www....
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生信流程搭建（九）比较fastq-dump、pfastq-dump和fasterq-dump
这是一篇学习和对比fastq-dump、pfastq-dump和fasterq-dump这三个工具转换SRA文件到Fastq文件的使用文章平台背...
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【转录组】文库数据标准化方法RPKM FPKM TPM CPM RPM（理论篇）文库标准化的目的 RNA-seq每个基因的长度和深度均不相同，所以需要对基因的长度和测序深度进行Normalize 输入 一个Read Coun...
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